Описание тега hcluster
Пакет иерархической кластеризации для Scipy.
1
ответ
Как уменьшить длину листьев для подгонки меток в дендрограмме R?
Я создал кластер с hcluster, оригинальная дендограмма. Для форматирования я использовал as.dendogram, Когда я сделал это, мои этикетки были вырезаны. вертикальная дендограмма Еще больше благодаря горизонтальной ориентации. Тот, который мне нужен. го…
20 июл '18 в 12:17
1
ответ
Как собрать и установить hcluster?
Я загружаю hcluster с http://pypi.python.org/pypi/hcluster, затем распаковываю в папку, затем набираю "python setup.py install", Кажется, хорошо для этого показывает: Z:\>python setup.py install running install running build running build_py runn…
19 янв '13 в 08:27
2
ответа
Преобразование ndarray, сгенерированного hcluster, в строку Newick для использования с пакетом ete2
У меня есть список векторов, созданных с помощью: import hcluster import numpy as np from ete2 import Tree vecs = [np.array(i) for i in document_list] где document_list - это набор веб-документов, которые я анализирую. Затем я выполняю иерархическую…
20 фев '12 в 16:28
0
ответов
Невозможно найти vcvarsall.bat, даже если он есть на моем компьютере.
Я пытаюсь установить ссылку на библиотеку hcluster с помощью easy_install, но у меня появляется ошибка "ошибка: Сценарий установки завершен с ошибкой: не удается найти vcvarsall.bat" Проблема заключается в том, что, если я ищу на моем компьютере, фа…
26 авг '13 в 10:49
1
ответ
Ошибка в иерархической кластеризации с hcluster в python
Я пытаюсь запустить следующий код, и я получаю AttributeError: у объекта 'module' нет атрибута 'hcluster', созданного в последней строке. Я работаю в Mountain Lion, использую pip и homebrew, а hcluster находится в PYTHONPATH=/usr/local/lib/python2.7…
23 окт '13 в 12:09
1
ответ
Проблема с иерархической кластеризацией в Python
Я делаю иерархическую кластеризацию 2-мерной матрицы по метрике корреляционного расстояния (т.е. 1 - корреляция Пирсона). Мой код следующий (данные находятся в переменной с именем "данные"): from hcluster import * Y = pdist(data, 'correlation') clus…
30 май '10 в 22:52
1
ответ
Не могу установить hcluster из pypi под python 2.6 на xp
Я использую файл setup.py, поставляемый с hcluster, со следующими добавленными строками: sys.path.append("c:\\Program Files\\Python26\\Lib\\site-packages\\hcluster-0.2.0") sys.path.append("c:\\Program Files\\Python26\\Lib\\site-packages\\hcluster-0.…
09 ноя '10 в 18:30
1
ответ
Дендрограмма через Сципи с учетом матрицы сходства
Я вычислил матрицу подобия jaccard с помощью Python. Я хочу сгруппировать наивысшее сходство с наименьшим, однако, независимо от того, какую функцию связи я использую, она создает одну и ту же дендрограмму! У меня есть ощущение, что функция предпола…
12 мар '15 в 23:48
1
ответ
Как использовать разреженную матрицу в Python Hcluster?
Я пытаюсь использовать библиотеку hcluster в Python. У меня недостаточно знаний Python, чтобы использовать разреженную матрицу в hcluster. Пожалуйста, помогите мне кто-нибудь. Итак, вот что я делаю: import os.path import numpy import scipy import sc…
05 дек '10 в 19:53
1
ответ
Кластер Python, матрица расстояний и матрица сжатых расстояний
Я использую модуль hcluster для расчета дендрограммы из матрицы расстояний. Моя матрица расстояний - это массив массивов, сгенерированных так: import hcluster import numpy as np mols = (..a list of molecules) distMatrix = np.zeros((10, 10)) for i in…
19 апр '11 в 09:54
0
ответов
Тепловая карта со значениями NA
Я пытался построить тепловую карту, но в моей матрице есть несколько НА. Я не хочу выбрасывать целые строки, поэтому ищу здесь решение. Первая ошибка - NA/NaN/Inf при вызове внешней функции (аргумент 11). Я думаю, что hcluster не работает с данными …
18 сен '19 в 17:58
0
ответов
Иерархическая кластеризация в R не может быть запущена
Я пытался запустить ах-кластер из своих данных, но я действительно могу найти тот, который может работать. Матрица различий d <- dist(данные, метод = "евклидов") Иерархическая кластеризация с использованием полной компоновки hc1 <- hclust(d, m…
29 мар '22 в 07:05