Получить все молекулы из файла смайлов

Question

Я работаю над файлами.smiles. Файловая структура файла.smiles: http://en.wikipedia.org/wiki/Chemical_file_format

Я хочу получить все атомы из файла смайлов. Это означает, что если имеется один атом "С", это означает, что к ним будет присоединено 4 атома "Н".

Во время поиска я обнаружил, что в python есть некоторые модули, которые могут анализировать формат смайлов, но они не дают поддерживаемых атомов водорода. (например: они дают только "C", а не другие 4 атома "H", связанных с этим атомом "C")

Как я могу найти все атомы, включая связанные атомы 'H', а также с помощью Python.
Пример файла смайлов, который необходимо преобразовать во все атомы, включая связанные атомы "H":

[H]OC([H])([H])[C@@]1([H])C([H])=C([H])[C@@]([H])(n2c([H])nc3c(nc(nc23)N([H])[H])N([H])C2([H])C([H])([H])C2([H])[H])C1([H])[H]

Заранее спасибо.

Answer 1

Смотрите Open Babel.

Полезные ссылки на сайте Open Babel

• " Гиды"
• возможности
• Использование Python с Open Babel
• Другие инструменты, в том числе инструмент ( obprop)

Смотрите также,
Этот блог (Каспер Стейнманн) по химии с Python (хотя и с использованием Open Babel, но не все)

Обновление Смотрите этот код (не проверено):

mymol = pybel.readstring("smi",  
"[H]OC([H])([H])[C@@]1([H])C([H])=C([H])[C@@]([H])(n2c([H])nc3c(nc(nc23)" + \
"N([H])[H])N([H])C2([H])C([H])([H])C2([H])[H])C1([H])[H")
print mymol.addh()

Answer 2

Для молекулярного веса соединения, заданного как SMILES, привязки Python Openbabel должны работать:

import pybel
mol = pybel.readfile("smi", "stuff.smi").next()
print mol.molwt

Answer 3

Я хочу получить все атомы из файла смайлов. Это означает, что если имеется один атом "С", это означает, что к ним будет присоединено 4 атома "Н". Это предположение не правильно, это может быть 1,2,3 водорода.

Попробуйте, openbabel, CDK или подобную библиотеку для хеминформатики.

Но зачем вам все атомы из файла?

Answer 4

Попробуйте хмуриться, набор инструментов для хемоинформатики, предназначенный для быстрой разработки алгоритмов, связанных с химией. Он написан почти на 100% Python, а небольшая часть написана на C++.

Answer 5

RDKIT - это четко определенная библиотека хеминформатики на python.

Чтобы прочитать молекулу из улыбок,

from rdkit import Chem

m = Chem.MolFromSmiles('[H]OC([H])([H])[C@@]1([H])C([H])=C([H])[C@@]([H])(n2c([H])nc3c(nc(nc23)N([H])[H])N([H])C2([H])C([H])([H])C2([H])[H])C1([H])[H]')

После того, как вы прочитаете смайлики в молекуле RDKIT, вы сможете сделать все, что угодно. Посмотрите документацию для получения дополнительной информации.