Как пакет dMod R обрабатывает тома?
Я пишу модель фармакокинетики ODE в R, используя пакет dMod. Я полагаю, что у dMod есть какая-то опция для учета объема отсека, но я не могу найти, как его использовать или связать с разными молекулами. Я относительно новичок в использовании R, поэтому, пожалуйста, объясните просто.
Я моделирую молекулу, которую лучше всего представить как нековалентный конъюгат антитело-лекарственное средство. В моей модели лекарственный комплекс будет входить в различные субклеточные компартменты с разными объемами. Белковые компоненты конъюгата имеют различное сродство к рецепторам и небольшим молекулам, которые изменяются в зависимости от клеточного расположения. Сложность ассоциации и скорости диссоциации делают стандартные модели фармакокинетики "из коробки" неуместными. Тем не менее, мне все еще нужно учитывать отсеки, что сделало предыдущую попытку работать с RuleBender неудачной. Симбиология испытывала трудности с количеством химических видов; плюс, я ужасен в Matlab. Поэтому я решил перейти на более гибкий ODE-решатель в R, язык, который я знаю лучше всего.
Для небиохимика: концентрация и, следовательно, скорость всех реакций в камере изменяются в зависимости от объема камеры. Хотя я мог включать объемы в уравнения скоростей вручную, похоже, что команда eqnlist() может принимать "объемы" в качестве аргумента.
Хотя я не получаю сообщение об ошибке при добавлении некоторых значений для тома в eqnlist(), для томов это не исправляется. Например:
toy <- eqnlist(volumes = c(1,3) ) %>%
addReaction("chemA_1", "chemA_2", "k1*chemA_1", "1stOrderCompshift")
toymodel <- odemodel(toy, modelname = "toy1", compile = TRUE)
toypredfunc <- Xs(toymodel)
parameters <- getParameters(toypredfunc)
pars <- structure(c(4,0,0.5), names = parameters)
times <- seq(0, 10, len = 100)
prediction <- toypredfunc(times, pars)
plot(prediction)
Я хотел бы иметь первый отсек объемом 1 и второй отсек объемом 3. chemA в отсеке 1 называется chemA_1, а chemA в отсеке 2 - chemA_2. Мы начнем с 4 единиц молекулы chemA_1 и 0 единиц chemA_2. В период полураспада 2 единицы молекулы chemA_1 станут chemA_2. Однако концентрация chemA_2 должна составлять 0,67, так как объем отделения составляет 3. Я не понимаю, как назначить объемы химическим веществам, и нет примеров, включающих eqnlist() с аргументом volume.
PS Если у вас есть другие предложения для пакетов фармакокинетики в R, желательно гибкие, но с хорошей документацией и примерами, пожалуйста, дайте мне знать!