Описание тега pubchem
Бесплатная база данных химических структур малых органических молекул и информации об их биологической активности
1
ответ
Кажущаяся простой rpubchem интерактивная функция выдает ошибку
Следующие строки кода R дают ошибки курсивом. Казалось бы, ошибка rpubchem, если я не делаю глупости: require(rpubchem); get.aid.by.cid(614467, type="raw") Выход: ***Warning messages: 1: In readLines(icon, n = 100) : seek on a gzfile connection retu…
23 авг '16 в 21:55
1
ответ
R: анализ JSON/XML экспортированных составных свойств из Pubchem
Я хотел бы проанализировать все химические свойства данного соединения, как указано в Pubchem в R, используя средство экспорта JSON (или XML). Пример: ALPHA-IONONE, соединение с открытым исходным кодом ID 5282108 https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/com…
17 сен '15 в 15:33
2
ответа
Как извлечь все имена IUPAC, упомянутые в данных, доступных в Pubchem(NCBI), в текстовый файл?
Я хочу построить списки префиксов и суффиксов некоторой длины из всех имен IUPAC, упомянутых в базе данных Pubchem, чтобы я мог использовать их в своем проекте в качестве функции. Поэтому я хочу, чтобы все химические имена IUPAC были в текстовом фай…
29 сен '11 в 12:04
2
ответа
Создание 2d изображений молекул из данных FTP PubChem
Вместо того, чтобы сканировать веб-сайт PubChem, я бы предпочел быть хорошим и генерировать изображения локально с ftp-сайта PubChem: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pubchem/specifications/ Единственная проблема заключается в том, что я ограничен OSX и Linux…
17 сен '15 в 14:45
0
ответов
Ошибка rpubchem - сбор данных из pubchem
Это моя первая попытка использования R для сбора данных из pubchem. Однако я получаю следующую ошибку каждый раз для каждого cid, который я использовал. библиотека ("rpubchem") get.cid (46926545) Ошибка в do.call(cbind, unlist(Filter(function(x)! Is…
19 май '18 в 15:36
1
ответ
Кто-нибудь использовал pubchemdb? Любой подобный API?
Обновление: ссылка в ответе интересна и полезна, но, к сожалению, не учитывает необходимость API Java, поэтому я все еще жду каких-либо отзывов. Я создаю базу данных химических соединений. Мне нужны все синонимы (IUPAC и общие названия), а также дан…
09 май '11 в 19:13
2
ответа
Как использовать httpClient для части файла XML-файла в Java
В настоящее время я делаю проект, в котором я должен запросить данные из базы данных метаболитов PubChem. Я использую Apache HttpClient. Я делаю следующее: HttpClient httpclient = new DefaultHttpClient(); HttpGet pubChemRequest = new HttpGet("http:/…
01 июл '12 в 12:01
2
ответа
Преобразование идентификатора CID из реестра CAS в Pubchem в R
Раздражающая проблема, с которой сталкиваются многие химики, заключается в преобразовании регистрационных номеров химических соединений CAS (хранящихся в какой-либо коммерческой базе данных, которая недоступна) в идентификаторы Pubchem (открытые). Т…
04 фев '14 в 12:00
2
ответа
База данных PubChem в MySQL
Я хочу скачать базу данных вещества pubchem и поместить всю информацию в базу данных MySQL. Возможно ли это, и если да, то как? Есть ли скрипт, который автоматически обновляет базу данных?
17 ноя '11 в 11:38
1
ответ
Rvest Web Scrape возвращает пустой символ
Я ищу, чтобы собрать некоторые данные из химической базы данных, используя R, в основном name, CAS Number, а также molecular weight теперь. Однако у меня возникли проблемы с получением rvest чтобы извлечь информацию, которую я ищу. Это код, который …
05 авг '17 в 04:31
1
ответ
Извлечение файлов sdf из публикации, соответствующей моноизотопной массе
Я пытаюсь извлечь химические структуры из базы данных pubchem в формате sdf соединений, соответствующих определенной точной массе и в диапазоне 10 частей на миллион этой точной массы (точная масса-квадратная масса / точная масса)*10^6. Есть ли спосо…
22 май '16 в 01:48
0
ответов
Составная база данных Pubchem в Oracle
Кто-нибудь знал, как легко импортировать все данные из базы данных соединения pubchem в базу данных оракула (11g)? Я не нашел никакого решения, которое решает мою проблему
17 ноя '12 в 14:56
1
ответ
Как разобрать такой файл JSON?
Я хочу проанализировать этот файл JSON. чтобы получить что-то подобное со вторым столбцом как Canonical SMILES и третьим столбцом как Isomeric SMILES. 5317139<TAB><TAB>CCCC=C1C2=C(C3C(O3)CC2)C(=O)O1<TAB>CCC/C=C\\1/C2=C(C3C(O3)CC2)C…
31 окт '19 в 08:43
1
ответ
Есть ли способ вызвать API PubChem в python?
Я использую PubChem API для преобразования химических смайлов в структуру, но все еще имею ошибку. Вот мой Google Colab, который я пробую с изображением PIL плюс TKinter https://colab.research.google.com/drive/1TE9WxXwaWKSLQzKRQoNlWFqztVSoIxB7 Мой ж…
04 май '20 в 15:20
1
ответ
Загрузите json-файл с сайта pubchem
Моя задача - загрузить json-файл с сайта (pubchem), используя только строку запроса (например, h2o) и JS. Я знаю, что это можно сделать с помощью синтаксического анализа, но это слишком много кода из-за количества страниц, которые мне нужно проанали…
22 июл '20 в 20:10
0
ответов
Как ускорить запрос к серверу? (PUGREST.Timeout)
Я столкнулся с проблемой, связанной со временем запроса сервера. В некоторых случаях (например, C2H4) он дает результат через 5-10 секунд (слишком медленно, тем не менее), в других случаях (например, C9H8O4) он не работает с ошибкой тайм-аута. Очеви…
23 июл '20 в 21:51
1
ответ
Как использовать опцию searchtype в PubChemPy
Я пытался запустить код pcp.get_compounds('CC', searchtype='superstructure', listkey_count=3) но это не сработало. Этот код точно такой же, как и в документации («https://pubchempy.readthedocs.io/en/latest/guide/searching.html#advanced-search-types»…
31 янв '21 в 08:57
2
ответа
TypeError: get_properties() отсутствует 1 обязательный позиционный аргумент: 'идентификатор'
Я пытался выяснить эту ошибку на python с помощью PubChemPy, но я застрял. Я пытаюсь ввести список химических веществ и собрать информацию о примерно 200 химических веществах. Это код, который я использую for i in List_of_Chemicals['Chemical name']:…
12 май '21 в 01:57
0
ответов
IndexError: список индекса вне допустимого диапазона. Для Stitch API, когда я использую API с использованием python, для нескольких входных данных я получаю вывод, только последние строки имеют ошибку индекса
Я новичок в программировании. Я пытаюсь найти мишени для химикатов с помощью STITCH API. Когда я запускаю код для некоторых входов в списке, я получаю результат. Но, в конце концов, несколько строк показывают ошибку индекса, как указано выше (наприм…
02 авг '21 в 09:04
1
ответ
Получение номера с сайта pubchem с помощью Selenium
Я выполняю поиск на сайте pubchem по приведенному ниже коду. Мне нужно получить номер «Compound CID:» с экрана из результатов поиска, но я не смог его получить. Мне нужна помощь в этом. driver = webdriver.Chrome() url = "https://pubchem.ncbi.nlm.nih…
01 янв '22 в 10:02