Описание тега rdkit
RDKit is a popular open-source library for chemoinformatics and machine learning applied to chemoinformatics.
1
ответ
Как преобразовать молекулу из графического представления в RDKit Mol
Я работаю над проектом Python с участием молекул, и пока я представляю молекулы в виде графиков. У меня есть три разных массива, описывающих каждый граф: двоичная матрица смежности, массив, хранящий атомный номер каждого атома в молекуле, и матрица,…
04 авг '18 в 08:44
2
ответа
Как добавить RDKit в проект в PyCharm?
Итак, я пытаюсь добавить RDKit в мой проект в PyCharm. Я обнаружил, что если вы используете переводчик /usr/bin/python2.7 PyCharm попытается установить материал, используя pip, Пока RDKit требует conda, Я пытался изменить переводчика на conda, но RD…
20 янв '16 в 11:10
0
ответов
Конда установить конфликт с остальными пакетами
По какой-то причине я не могу установить пакеты с моей текущей настройкой. У меня есть версия Конда 3.7 и Python 3.4. Я пробовал следующее: conda install -c conda-forge rdkit conda install -c rdkit rdkit conda install -c conda-forge plotnine и во вс…
11 сен '18 в 19:17
1
ответ
Как использовать RDKit для расчета молекулярного отпечатка пальца и сходства списка структур SMILE?
Я использую RDKit для вычисления молекулярного сходства на основе коэффициента Танимото между двумя списками молекул со структурами SMILE. Теперь я могу извлечь структуры SMILE из двух отдельных файлов CSV. Мне интересно, как поместить эти структуры…
04 авг '18 в 01:15
2
ответа
Как ты установил rdkit на героку
Мне нужно установить rdkit в heroku для запуска моего приложения heroku. Я установил rdkit локально на свой ноутбук, используя sudo apt-get install python-rdkit, Но когда я сгенерировал файл требований, используя pip freeze сгенерированный файл не п…
10 июн '14 в 05:25
1
ответ
Функция для кнопки в Python с использованием PyQt4
Я пытаюсь создать кнопку в окне, которая в конечном итоге запустит функцию, которую я написал из кода. Мой код GUI пока выглядит следующим образом: import sys from PyQt4 import QtGui, QtCore class PAINSFILTER(QtGui.QMainWindow): def __init__(self): …
27 июл '15 в 20:47
2
ответа
Как получить параметры Python os.environ из сценария CGI?
Когда я использую os.environ.keys() в командной строке я получаю переменные окружения, отличные от сценария cgi. Есть ли способ получить переменные среды Python через скрипт CGI? С помощью subprocess.Popen Я не получаю одинаковые параметры. Не могли…
16 май '13 в 13:21
1
ответ
Химическое представительство - SNL SMILES
Я хотел бы знать, возможно ли конвертировать SYBYL Line Notation (SNL) в Smiles с Python? Пример для N-метилпирролидона: SNL = 'N[1](CH2CH2CH2C@1=O)CH3' SMI = 'CN1CCCC1=O' Я не нашел никакого решения с RDKit:(
20 май '18 в 13:13
0
ответов
Импорт rdkit в Databricks
Я пытаюсь импортировать rdkit в блоки данных. Я создал файл egg из rdkit и загрузил его. Тем не менее, импорт из модуля по-прежнему показывает "ImportError: нет модуля с именем rdkit" Я пропускаю другой импорт? Кто-нибудь когда-нибудь делал это успе…
15 июн '18 в 13:22
3
ответа
rdkit: Как показать количество атомов в молекулярной среде
Здравствуйте! Я пытался использовать пакет rdkit, чтобы завершить работу по отображению чисел атомов молекулы в Jupyter Notebook, "import IPython.core.interactiveshell" и "import InteractiveShell", а также "из rdkit.Chem.Draw импортировать DrawingOp…
15 ноя '18 в 14:17
1
ответ
apache не уважает LD_LIBRARY_PATH?
В моем веб-приложении у меня есть этот кусок кода: from rdkit import Chem Это вызывает его сбой под Apache, в журналах я вижу: [Fri Sep 06 10:35:44 2013] [error] [client 172.22.69.51] ImportError: libRDGeneral.so.1: cannot open shared object file: N…
10 сен '13 в 17:37
0
ответов
ValueError при выполнении проверки со случайными лесами
Я пытаюсь построить модель, которая бы предсказывала коэффициент caco-2 молекулы, учитывая ее представление в виде строки улыбок. Мое решение основано на этом примере. Поскольку мне нужно предсказать реальную стоимость, я использую RandomForestRegre…
01 июл '17 в 19:36
0
ответов
Python: в библиотеке rdkit отсутствуют многие функции
Недавно я установил rdkit на pycharm, сначала используя среду anaconda, установив rdkit с помощью conda install -c rdkit rdkit и, наконец, переместив папку установленного пакета lib в среду anaconda, которую использует мой pycharm. Мой pycharm может…
27 июл '18 в 08:34
1
ответ
Запустите rdkit в Конде
У меня проблема с запуском rdkit в Конде. Я установил Conda на Windows 10, затем установил rdkit, следующий здесь: http://www.rdkit.org/docs/Install.html. Когда я бегу conda list в командной строке conda у меня есть rdkit в списке: rdkit 2018.03.1.1…
13 май '18 в 16:58
0
ответов
Вопрос о (общих) фреймворках Murcko в RDKit
Нормально ли получить в RDKit для того же набора смайлов более уникальные универсальные фреймворки Murcko, чем уникальные нормальные фреймворки? При запуске этого: # Generate framework for a SMILES, handling for errors def framecheck(s): try: return…
18 дек '18 в 07:59
1
ответ
Проблема рисования RDKit: граф отпечатков пальцев не отображался с помощью команды Draw.DrawRDKitBit
Я просто скопировал и вставил этот код из rdkit ( https://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html), который я ожидал для создания графиков. Тем не менее, я получил длинную строку. from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem from rdk…
25 фев '19 в 04:45
1
ответ
Вставьте изображения matplotlib в кадр данных pandas
ЦЕЛЬ: В настоящее время я работаю с rdkit, чтобы покрасить структуры моих молекул в соответствии с rdkit.Chem.Draw.SimilarityMaps, Теперь я хотел бы использовать изображения Matplotlib SimilarityMaps функция, чтобы представить их в pandas dataframe …
31 окт '17 в 15:03
1
ответ
Функция не может открыть файл после компиляции py2exe
Я использую rdkit. После сборки с помощью py2exe когда я звоню Draw.MolToImage В методе есть ошибка: Warning: unable to load font metrics from dir C:\pythonApp\dist\library.zip\rd kit\sping\PIL\pilfonts Traceback (most recent call last): File "app.p…
30 авг '15 в 23:54
1
ответ
Не удается импортировать Chem из rdkit в Anaconda Python 3.6.5
Я устанавливаю Anaconda 4.5.4 с Python 3.6.5 и устанавливаю rdkit (с помощью команды "conda install -c rdkit rdkit") и я пытаюсь импортировать Хим и не работает. from rdkit import Chem Traceback (most recent call last): File "<stdin>", line 1,…
13 июн '18 в 13:15
1
ответ
Преобразовать список строк смайлов ['x', 'y', 'z'] в файлы mol или блоки mol MDL с помощью RDKit
Я сгенерировал список строк смайлов и определил их как "результат" Я хотел бы преобразовать каждую строку SMILES в списке в отдельные файлы mol, используя RDKit. Мой текущий код такой: m = Chem.MolFromSmiles('result') print(Chem.MolToMolBlock(m)) Эт…
12 ноя '18 в 00:50