Описание тега tidygraph

Вопросы с тегом
Tidygraph предоставляет в R аккуратный фреймворк для всего, что связано с отношениями (сети / графы, деревья и т. Д.). Часто используется вместе с ggraph.
1 ответ

Фильтровать направленные вхождения в таблицу

У меня есть данные совместного вхождения, которые могут быть представлены в двух столбцах. Записи в каждом столбце относятся к одному и тому же набору возможностей. В конечном счете, я стремлюсь построить ориентированную сеть, но сначала я бы хотел …
25 июл '18 в 07:10
0 ответов

Моделирование влияния узлов на другие узлы

моделирование miRNA - генных взаимодействий Мы заинтересованы в моделировании влияния изменения одного узла на другие узлы. Вероятно, нам нужно применить широту первого подхода (map_bfs в Tidygraph), чтобы рассчитать такие эффекты, но мы не можем п…
08 фев '18 в 11:31
0 ответов

Использование тидиграфа для получения узлов и метрик на уровне графов для каждой группы

Я опробую тидиграф о сетях, основанных на различных экспериментальных методах, и мне больше всего интересно узнать метрики по всему графу и, возможно, также метрики на уровне узлов. Кажется, я не могу понять, как работает тидиограф. Я использую R v3…
10 янв '19 в 12:35
0 ответов

FURRR на Tidygraph говорит: "Функция не должна вызываться напрямую"

Параллельные вычисления функций центральности тидиграфа с использованием furrr приводят к ошибке: "Ошибка в mutate_impl(.data, dots): Ошибка оценки: эту функцию нельзя вызывать напрямую". Вот мой код: library(tidyverse); library(tidygraph) H <- p…
17 фев '19 в 23:06
1 ответ

Tidygraph: подсчитать итоги ребенка на родительском уровне

Используя пакет tidygraph в R, учитывая дерево, я хотел бы вычислить среднее значение, сумму, дисперсию... значения для каждого из прямых потомков каждого узла в дереве. Моя интуиция заключается в использовании map_bfs_back_dbl или связанные и пытал…
13 июн '18 в 15:18
2 ответа

Используя Tidygraph, чтобы объединить два ребра из тех же двух узлов в один

Я изо всех сил пытаюсь выяснить, как сложить 2 ребра между теми же 2 узлами в 1, а затем вычислить сумму этих ребер. Я считаю, что есть способ сделать это в igraph: simplify(gcon, edge.attr.comb = list(weight = "sum", function(x)length(x))) но я бы …
15 авг '18 в 01:35
0 ответов

Моделирование негативного эффекта или конкурирующего поведения в двудольных сетях

Мы хотели бы отслеживать изменения в сети при изменении узла. (поставщик против покупателя, ток против сопротивления в электрической цепи, микроРНК против гена, хозяин против патогена и т. д.). Например, предположим, что система включает двух разных…
31 окт '18 в 13:46
0 ответов

Сеть с однонаправленными и двунаправленными ребрами

У меня есть данные, состоящие из пар взаимодействий, и я хотел бы представить их как сеть. Хотя большинство взаимодействий являются однонаправленными, некоторые являются двунаправленными, и я хотел бы представить это. Я могу сделать это по цвету, но…
24 авг '18 в 09:04
1 ответ

Упростить удаление деревьев

У меня есть нециклический граф, который можно считать деревом. Вот упрощенный пример: library(tidygraph) create_tree(20,2, directed = TRUE, mode="in") %>% plot Пример из реальной жизни может быть немного сложнее, поскольку у меня может быть неско…
05 ноя '17 в 10:16
1 ответ

r Tidygraph найти первого родителя в иерархии, которая соответствует критериям

Найдите первого утверждающего в пределах строки отчетности, которая как минимум на 2 класса выше. Например, класс 0 на два класса выше, чем класс 2. График сотрудников Я пытаюсь создать новый атрибут узла Approver, который должен заполнять для сотру…
27 июн '18 в 16:28
2 ответа

Вычисление брокерской оценки Эверетта-Валенте в TidyGraph

Я хочу вычислить рейтинг брокерских платежей Эверетта-Валенте для каждого узла в моей целевой сети (Эверетт и Валенте, 2016). Эта оценка основана на центральности между ними. По сути, это контролирует размер сети. Способность брокера управлять поток…
03 окт '18 в 04:36
0 ответов

Как объединить несколько фрагментов краев тидиграфа?

У меня есть данные сети с продольной панелью, и каждый момент времени хранится в виде матрицы смежности в списке. Я хотел бы, чтобы все они были в одном объекте tbl_graph (с тегами времени наблюдения), но я не знаю, как добавить или извлечь целые гр…
17 ноя '18 в 14:52
1 ответ

Как скрыть неподключенные узлы в ggraph

Учитывая следующий пример кода, library(tidyverse) library(tidygraph) library(ggraph) reprex <- tibble(to = 1:10, from = c(2:10, 1), facet = rep(1:2, each = 5)) %>% as_tbl_graph() reprex_plot <- reprex %>% ggraph() + geom_node_point() + …
28 сен '17 в 10:01
2 ответа

Изменить значение, используя значение из другой строки в таблице

Я хочу рассчитать расстояние от узла до корня dtr, Все, что у меня есть, это вектор, который содержит идентификатор родительского узла для каждого узла rel (в этом примере id == 7 является корнем): library(tidyverse) tmp <- tibble( id = 1:12, rel…
02 янв '18 в 15:28
1 ответ

3D труба / труба в R - создание участков из корней деревьев

Я пытаюсь создать трехмерные графики моделируемых корней деревьев в R. Вот пример роста корневой системы с течением времени: По сути, это трехмерная сеть цилиндров, где диаметр цилиндра (и, необязательно, цвет) представляет размер корня. Доступные д…
24 фев '18 в 21:00
1 ответ

Изменение формы фрейма данных с помощью столбца списка, созданного с помощью tidygraph

Я работаю с tidygraph пакет и попробуйте найти "аккуратное" решение для примера ниже. Проблема на самом деле не связана с tidygraph и больше о передаче данных, но я думаю, что это интересно для людей, работающих с этим пакетом. В следующем фрагменте…
11 янв '18 в 12:09
1 ответ

Tidygraph и igraph - построить график из несоответствия данных

Я могу построить объект графа в igraph из двух датафреймов без проблем. Когда я пытаюсь сделать то же самое в tidygraph, я получаю ошибки. Позвольте мне продемонстрировать. Сначала я загружаю свои исходные данные (данные с доски объявлений): library…
21 май '18 в 23:48
1 ответ

Распространение значения от детей с тидиграфом

У меня есть дерево, аннотированное на уровне рода (т. Е. У каждого листа есть имя), и я хочу распространять цвет листьев в ветвях / краях, пока у детей тот же род, как на этом графике: Источник Мое дерево здесь (извините, dput не работает...) и он в…
23 авг '17 в 13:11
0 ответов

Случайная функция графа в R

У меня есть задание, в котором я должен сгенерировать свою собственную функцию случайного графа в R с выводом igraph. Я понял, что самый простой способ сделать это - просто сгенерировать квадратную матрицу, а затем построить функцию, которая создает…
08 авг '18 в 07:57
2 ответа

Метки меток для конкретного geom_node_text

Я пытаюсь построить график сети и показать только метки для geom_node_text, у которых показатель центральности выше определенного порога. Мой код ниже: rt_tbl %>% mutate(centrality = centrality_authority()) %>% ggraph(layout = 'kk') + geom_edg…
08 ноя '17 в 09:07