Распространение значения от детей с тидиграфом

Question

У меня есть дерево, аннотированное на уровне рода (т. Е. У каждого листа есть имя), и я хочу распространять цвет листьев в ветвях / краях, пока у детей тот же род, как на этом графике:

Источник

Мое дерево здесь (извините, dput не работает...) и он выглядит так:

library(ggraph)
library(tidygraph)
load("tree_v3")

TBL %>% activate(nodes) %>% as_tibble
# A tibble: 50 x 2
    leaf      Genus
   <lgl>     <fctr>
 1 FALSE         NA
 2  TRUE Klebsiella
 3  TRUE Klebsiella
 4 FALSE         NA
 5  TRUE Klebsiella
 6  TRUE Klebsiella
 7 FALSE         NA
 8 FALSE         NA
 9  TRUE Klebsiella
10 FALSE         NA
# ... with 40 more rows

Я могу напечатать дерево с этим кодом, но, как вы можете видеть, цвета краев остаются рядом с листьями.

TBL %>%
  ggraph('dendrogram') + 
  theme_bw() +
  geom_edge_diagonal2(aes(color = node.Genus)) +
  scale_edge_color_discrete(guide = FALSE) +
  geom_node_point(aes(filter = leaf, color = Genus), size = 2)

В этом посте есть код, который отображает результаты поиска в этом блоге, но он не работает с моими данными, и я не понимаю, почему...

TBL2 <- TBL %>%
  activate(nodes) %>%
  mutate(Genus = map_bfs_back_chr(node_is_root(), .f = function(node, path, ...) {
    nodes <- .N()
    if (nodes$leaf[node]) return(nodes$Genus[node])
    if (anyNA(unlist(path$result))) return(NA_character_)
    path$result[[1]]
  }))

Ошибка в mutate_impl(.data, dots): Ошибка оценки: невозможно привести значения к символу (1).

РЕДАКТИРОВАТЬ после ответа Марко Сандри

С mutate(Genus = as.character(Genus)) больше нет сообщений об ошибках, но род не распространяется правильно. Например, посмотрите третий и четвертый узлы, начиная справа: родительский элемент должен быть NA... (обратите внимание, что это не работает ни в сюжете поста в блоге).

Answer 1

Genus в TBL является фактором:

str(TBL %>% activate(nodes) %>% as_tibble)

# Classes ‘tbl_df’, ‘tbl’ and 'data.frame':       50 obs. of  2 variables:
# $ leaf : logi  FALSE TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE ...
# $ Genus: Factor w/ 10 levels "","Citrobacter",..: NA 6 6 NA 6 6 NA NA 6 NA ...

но должен быть персонажем.
После конвертации Genus от фактора к символу, код работает.

TBL2 <- TBL %>%
  activate(nodes) %>% 
  mutate(Genus = as.character(Genus)) %>%
    mutate(Species = map_bfs_back_chr(node_is_root(), .f = function(node, path, ...) {
        nodes <- .N()
        if (nodes$leaf[node]) return(nodes$Genus[node])
        if (anyNA(unlist(path$result))) return(NA_character_)
        path$result[[1]]
    }))