SimpleITK, читать метаданные без загрузки массива изображений
Я использую SimpleITK для чтения данных MetaImage.
Иногда мне нужно получить доступ только к метаданным (которые хранятся в файле ключ = значение.mhd), но единственный способ, который я нашел, это вызвать ReadImage
что довольно медленно, так как загружает весь массив в память.
import SimpleITK as sitk
mhd = sitk.ReadImage(filename)
origin = mhd.GetOrigin()
spacing = mhd.GetSpacing()
direction = mhd.GetDirection()
Есть ли способ получить доступ к пространству и направлению источника без загрузки полного изображения?
1 ответ
Решение
ITK сама поддерживает эту функцию, а SimpleITK - нет.
Пожалуйста, создайте запрос функции с проектом: https://github.com/SimpleITK/SimpleITK/issues
ОБНОВИТЬ:
Эта новая функция была добавлена в основную ветку SimpleITK для версии 1.1.
Вот пример нового интерфейса:
if len ( sys.argv ) < 2:
print( "Usage: DicomImagePrintTags <input_file>" )
sys.exit ( 1 )
reader = sitk.ImageFileReader()
reader.SetFileName( sys.argv[1] )
reader.LoadPrivateTagsOn();
reader.ReadImageInformation();
for k in reader.GetMetaDataKeys():
v = reader.GetMetaData(k)
print("({0}) = = \"{1}\"".format(k,v))
print("Image Size: {0}".format(reader.GetSize()));
print("Image PixelType: {0}".format(sitk.GetPixelIDValueAsString(reader.GetPixelID())));