Ошибка: не удалось преобразовать строку в число с плавающей точкой (CordZ)

Question

Я пытаюсь извлечь фрагменты клубеньков из изображений CT, основываясь на координатах, указанных в файле CSV. я продолжаю получать это сообщение об ошибке в строке worldcoord: не удалось преобразовать строку в число с плавающей точкой (CordZ). Я не совсем уверен, как это сделать.

У меня есть это до сих пор:

def readCSV(filename):

    def readCSV(filename): lines = []
    with open(filename, 'r') as f:
        csvreader = csv.reader(f)
        for line in csvreader:
            lines.append(line)
    return lines

    cands = readCSV(cand_path)

    for cand in cands: 
        worldCoord = np.asarray([float(cand[3]),float(cand[2]),float(cand[1])])
        voxelCoord = worldToVoxelCoord(worldCoord, numpyOrigin, numpySpacing)
        voxelWidth = 65
        patch = numpyImage[voxelCoord[0],voxelCoord[1]-voxelWidth/2:voxelCoord[1]+voxelWidth/2,voxelCoord[2]-voxelWidth/2:voxelCoord[2]+voxelWidth/2]
        patch = normalizePlanes(patch)
        print ('data')
        print (worldCoord)
        print (voxelCoord)

Answer 1

Мне также пришлось указать номер строки для файла CSV. Итак, я сделал:

for cand in cands[1:]

Answer 2

Решение для "только целых чисел, слайсов (:), многоточия (...), numpy.newaxis (None) и целых или логических массивов являются допустимыми индексами"

Изменить,

patch = numpyImage [voxelCoord[0],voxelCoord[1]- voxelWidth/2:voxelCoord[1]+voxelWidth/2,voxelCoord[2]-voxelWidth/2:voxelCoord[2]+voxelWidth/2]

чтобы,

patch = numpyImage [int(voxelCoord[0]),int(voxelCoord[1])- int(voxelWidth/2):int(voxelCoord[1])+int(voxelWidth/2),int(voxelCoord[2])-int(voxelWidth/2):int(voxelCoord[2])+int(voxelWidth/2)]