Ошибка чтения MHD-файлов с помощью SimpleITK в Python

Question

Я снова здесь с другим вопросом относительно SimpleITK в Python. Я хочу построить изображение.mhd, но я не знаю как. Я пытаюсь описанную здесь функцию чтения *.mhd/*. Raw формат в Python:

load_itk('/home/bianca/Documents/PythonProcessing/result-Edep.mhd')

Но это не чтение изображения:

RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK ReadImage: /tmp/SimpleITK-build/ITK/Modules/IO/Meta/src/itkMetaImageIO.cxx:483:
itk::ERROR: MetaImageIO(0x3a83730): File cannot be read: /home/bianca/Documents/PythonProcessing/result-Edep.mhd for reading.
Reason: Success

Я попробовал с изображением Scikit тоже...

img = io.imread('/home/bianca/Documents/PythonProcessing/result-Edep.mhd', plugin='simpleitk')

но я также получаю сообщение об ошибке

RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK ReadImage: /tmp/SimpleITK-build/ITK/Modules/IO/Meta/src/itkMetaImageIO.cxx:483:
itk::ERROR: MetaImageIO(0x3a84280): File cannot be read: /home/bianca/Documents/PythonProcessing/result-Edep.mhd for reading.
Reason: Success

Даже с медпой

from medpy.io import load
image_data, image_header = load('/home/bianca/Documents/PythonProcessing/result-Edep.mhd')

Traceback (most recent call last):
  File "<pyshell#17>", line 1, in <module>
    image_data, image_header = load('/home/bianca/Documents/PythonProcessing/result-Edep.mhd')
  File "medpy/io/load.py", line 201, in load
    raise err
DependencyError: Loading images of type Itk/Vtk MetaImage (.mhd, .mha/.raw) requires a third-party module that could not be encountered. Reason: No module named itk.

Но у меня есть SimpleITK сейчас. Я не понимаю, что происходит... =(

Answer 1

Является ли файл, который вы пытаетесь прочитать, действительным? Вы можете проверить это, используя другой инструмент для отображения изображений, например, ITK-SNAP или 3D Slicer. Если какой-либо из этих инструментов может открыть его, пожалуйста, сообщите нам версию SimpleITK, которую вы используете.

Answer 2

Для файлов MHD обычно требуется заголовок mhd и необработанный файл, который содержит данные изображения - есть ли у вас оба в одном каталоге с заголовком mhd, указывающим на данные?