Описание тега seurat
Пакет R для анализа данных Single Cell RNA-seq
0
ответов
Как построить несколько UMAP в указанной сетке, такой как 6 x 3?
Я использую новый пакет Seurat 3 для анализа данных секвенирования отдельных ячеек. Я объединил 18 объектов Seurat и сохранил отдельные идентификаторы в meta.data. При построении 18 отдельных UMAP с использованием аргумента split.by в функции DimPlo…
10 дек '18 в 17:04
0
ответов
Пакет R, Seurat, мешающий работе ggplot2/plotly
Я пишу R-скрипт в Rstudio, просматривая данные по одной ячейке и генерируя различные графики. Я использую пакет ggplot2. Он генерирует хорошие графические выходные данные, когда библиотека Seurat не загружена: Pure ggplot2 graph Затем, когда библиот…
25 июл '17 в 19:11
1
ответ
Как отфильтровать гены от seuratobject в слоте @data?
Я работаю с пакетом R под названием "Seurat" для одноклеточного анализа RNA-Seq и пытаюсь удалить несколько генов в seuratobject (класс s4) из имени слота "data". В этом объекте также есть несколько слотов, в которых хранится информация, связанная с…
10 янв '18 в 22:40
0
ответов
Ошибка Devtools HTTP403, установка не из Github или из локальной копии
Пытался установить пакет с Devtools с Github, но безуспешно, попытался загрузить локальную копию, но тоже не работал. > devtools::install_github('satijalab/seurat-wrappers') Error: Failed to install 'unknown package' from GitHub: HTTP error 403. …
15 окт '19 в 18:48
1
ответ
ошибка загрузки данных (Read10X, Seurat - Guided Clustering Tutorial)
Я пытаюсь следовать руководству с веб-сайта Seurat. https://satijalab.org/seurat/v3.1/pbmc3k_tutorial.html При загрузке данных произошла ошибка. Загрузите набор данных PBMC pbmc.data <- Read10X ("1_Guided_tutorial / pbmc3k_filtered_gene_bc_matric…
11 апр '20 в 19:57
1
ответ
Невозможно развернуть приложение на shinyapps.io: невозможно определить источник пакета
При развертывании простого приложения на shinyapps.io у меня возникает досадная ошибка. Приложению нужен только еще один пакет "Seurat", который я загружаю в server.R библиотекой (Seurat). Но когда я развернул его на shinyappsio.io, он остановился и…
17 фев '20 в 16:26
0
ответов
Функция FindVariableFeatures в Seurat Производство "Ошибка в совпадении (x, table, nomatch = 0L): 'match' требует векторных аргументов"
Я запускаю Seurat V3 в RStudio и пытаюсь запустить PCA на новом подмножестве объекта. В рамках этого процесса я использую команды: tnk.cells <- FindVariableFeatures(tnk.cells, assay = "RNA", selection.method = "vst", nfeatures = 2000) tnk.cells &…
18 ноя '19 в 18:24
1
ответ
Измените пределы y (особенно минимальные) с помощью Vlnplot
Я хотел бы нарисовать сценарий скрипки из данных одной ячейки. Я использую эту функцию: Vlnplot(object, features, cols = NULL, pt.size = 0.1) Но я бы хотел изменить ось y с 3000-10000 вместо 0 на 70000. Они предлагают изменить только y max, но не ср…
05 фев '20 в 20:09
3
ответа
Прокрутите список выходных графиков фреймов данных
Я пытаюсь построить графики функций или 20 моих главных генов. Вот почему я создал список фреймов данных, эти фреймы данных существуют или разные столбцы содержат значения и имена. Один из этих столбцов во фрейме данных - столбец генов. Мой код прев…
06 фев '20 в 17:00
0
ответов
Сера интеграция двух наборов данных - GSE126783
Я слежу за комплексным анализом учебника Сера с использованием двух наборов данных ( GSE126783: контроль или дегенерация сетчатки). Не могли бы вы сообщить мне, как создать 'object.list' для функции 'FindIntegrationAnchors'? ## SETUP THE SEURAT OBJE…
08 фев '20 в 11:19
1
ответ
Преобразование данных TPM в счетчики чтения для Seurat
Я хотел бы провести анализ в R с Сёра, но для этого мне нужна матрица подсчета со счетчиками чтения. Однако данные, которые я хотел бы использовать, предоставляются в TPM, что не идеально для использования в качестве входных данных, поскольку я хоте…
10 мар '20 в 12:45
2
ответа
Функция DoHeatmap Seurat - Ошибка в фрейме данных: аргументы подразумевают разное количество строк
Я пытаюсь использовать функцию DoHeatmap в Seurat, чтобы показать экспрессию ряда генов в некоторых определенных кластерах. B_cells - это мой объект Seurat. tfs <- c("PRDM1", "PAX5", "BACH2") DoHeatmap(B_cells, features=tfs) Я получаю эту ошибку …
26 мар '20 в 17:51
0
ответов
Ошибка в grid.Call.graphics(C_upviewport, as.integer(n))
Я хочу создать тепловую карту, показывающую порядок в Seurat in R. Когда я запускаю первые данные, они работают должным образом. RA@active.ident <- factor(RA@meta.data$new.ident, levels = c(control, two, five, eight)) DoHeatmap(RA, features= c(“C…
13 апр '20 в 05:21
1
ответ
Трехвложенный цикл в R
В настоящее время я пишу функцию, которая использует тройной вложенный цикл в R; однако, похоже, он ведет себя странно. Я замечаю следующие проблемы: 1) Кажется, что ген не добавлен к гену к gene.out в конце цикла, список, который я получаю из gene.…
09 сен '19 в 23:02
0
ответов
Проблемы с использованием пакета velocyto.R
Я пытаюсь использовать "Скорость" для своих данных Single-cell RNA-Seq от 10X Genomics. Я прочитал всю информацию, которую я узнал, прежде чем Velocity должен подготовить файлы с помощью "DropEst". Я использую свои данные, и теперь у меня есть три р…
04 окт '19 в 10:12
1
ответ
Визуализируйте несколько графиков в блестящем интерфейсе
Я хочу сделать блестящее приложение, в котором пользователь сможет выбирать гены. Тогда он увидит все графики этих генов. Часть выбора работает нормально (я думаю) ui <- fluidPage( titlePanel("Test"), sidebarPanel( selectInput("genes", "Genes:", …
13 май '20 в 12:52
1
ответ
Ошибка в NormalizeData.default при запуске DoubletFinder на интегрированном объекте seurat в R
Я пытаюсь запустить DoubletFinder на объекте seurat в результате интеграции различных наборов данных. У объекта Seurat есть 2 анализа: РНК и интегрированный. Комплексный объект seurat полностью обработан: Нормализация и предварительная интеграция Fi…
08 июн '20 в 19:10
0
ответов
Анализ одноклеточной РНК в R
Я новичок как в R, так и в Bioinformatic, и я скачал обработанные данные с GEO. Это матрица подсчета ячеек, сохраненная в файле rds, как на картинке. Как я могу анализировать и извлекать экспрессию каждого гена? Пакет Seruat работает? введите описан…
27 июн '20 в 05:33
0
ответов
Не удается отобразить график в блестящем приложении на сервере, но работает на локальном сервере и на сервере Rstudio
Я застрял в этой проблеме несколько дней. Я создаю блестящее приложение, в котором пользователь выбирает набор данных, а затем сервер читает соответствующий файл.rds и отображает графики. Для графического инструмента требуется пакет Seurat. Когда я …
23 авг '20 в 10:53
1
ответ
Seurat DimPlot - выделение определенных групп ячеек разными цветами
Прошу прощения за вопрос, который может быть очень простым, но я не могу понять этого: У меня есть объект Seurat с 20 различными группами ячеек (все они определены в метаданных и установлены как active.ident). 10 из них "обработаны", а 10 "не обрабо…
29 ноя '19 в 12:07