ошибка загрузки данных (Read10X, Seurat - Guided Clustering Tutorial)

Question

Я пытаюсь следовать руководству с веб-сайта Seurat. https://satijalab.org/seurat/v3.1/pbmc3k_tutorial.html

При загрузке данных произошла ошибка.

Загрузите набор данных PBMC

pbmc.data <- Read10X ("1_Guided_tutorial / pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz")

Ошибка в Read10X("1_Guided_tutorial/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz"): указанный каталог не существует

Я установил свой рабочий каталог, как показано на рисунке. Может ли кто-нибудь сообщить мне, в чем проблема? Спасибо!

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("multtest")

library(dplyr)
library(Seurat)
library(patchwork)

# Load the PBMC dataset
pbmc.data <- Read10X(data.dir = "1_Guided_tutorial/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz")

Answer 1

Несколько минут назад я столкнулся с этой проблемой, и теперь я нахожу решение.

Попробуйте использовать эти коды:

      install.packages("Seurat")
library(Seurat)
install.packages(c('dplyr','patchwork'))
library(dplyr)
library(Seurat)
library(patchwork)

для установки среды для анализа скРНК