Как построить несколько UMAP в указанной сетке, такой как 6 x 3?

Question

Я использую новый пакет Seurat 3 для анализа данных секвенирования отдельных ячеек. Я объединил 18 объектов Seurat и сохранил отдельные идентификаторы в meta.data. При построении 18 отдельных UMAP с использованием аргумента split.by в функции DimPlot он возвращает график в алфавитном порядке. Он также отображает 5 UMAP в первых трех строках и 3 в последней. Я хотел бы построить сетку 6 на 3 и иметь возможность упорядочить UMAP не по алфавиту. Ниже приведена команда, которую я использовал.

DimPlot(object = object, reduction = "umap", split.by = "orig.ident")

Answer 1

Если вы не хотите проходить через ggplot2, внутри есть опция DimPlot():

       library(Seurat)
pbmc_small = FindClusters(pbmc_small,resolution=1.2)
DimPlot(pbmc_small, split.by = "ident")

В этом случае у нас есть 6 граней:

Если нам нужно 2 строки, скажем, порядка 0,5,1,3,2,4:

       DimPlot(pbmc_small, split.by = "ident",ncol=3,order=rev(c(0,5,1,3,2,4)))