Описание тега sbml
SBML (Systems Biology Markup Language) is a free and open XML-based interchange format for computer models of biological processes.
5
ответов
lxml: добавить пространство имен во входной файл
Я анализирую XML-файл, созданный внешней программой. Затем я хотел бы добавить пользовательские аннотации к этому файлу, используя мое собственное пространство имен. Мой вклад выглядит следующим образом: <sbml xmlns="http://www.sbml.org/sbml/leve…
05 июл '12 в 14:30
1
ответ
Как получить "конкретные данные XML данных" с Java
Я хочу выводить как id = C00001 name = H2O id = C00002 name = ATP И вход как ids = {"C00001","C00002"...} names = {"H2O", "ATP"...} Как кодировать? Я могу читать как <spescies>H2O</species> Но я не могу читать как: <species id="C00001…
07 июн '19 в 11:37
1
ответ
Сборка пакета R с помощью Rtools4.0 в Windows 10
Я пытаюсь построить Rпакет с помощью RTools4.0 на машине с Windows 10. Моему пакету нужна библиотека SBML C и статические библиотеки для SBML для создания пакетов R в Window, предоставляемыеRTools4.0 ссылка Мне удалось успешно установить RTools4.0и …
04 сен '19 в 00:33
1
ответ
Что такое язык разметки системной биологии?
Может кто-нибудь резюмировать, что такое SBML? Что означает аббревиатура и какова ее цель? Я слышал, это как-то связано с системной биологией и компьютерной биологией? В какой вычислительной биологии он используется?
08 фев '20 в 04:25
0
ответов
XML -> список -> Data Frame в R с переменной структурой
Это мой первый пост в Stack, поэтому дайте мне знать, если я опубликовал недостаточно информации. Однако я просмотрел многие другие вопросы, на которые были даны ответы, и попробовал многие из тех решений, которые в результате привели меня сюда. У м…
21 ноя '19 в 03:41
1
ответ
Моделирование моделей SBML со связанными правилами компартмента и количества видов
Я работаю над базовой библиотекой моделирования биологии моделирования (SBSCL), где мы в настоящее время моделируем модели SBML из набора тестов SBML. Но у меня возникают проблемы с моделированием моделей SBML, где есть связанные правила компартмент…
02 июл '20 в 21:48
1
ответ
Как экспортировать файл sbml из других форматов, таких как graphml?
Итак, как уже упоминалось, я пытаюсь найти способ перевода файла graphml (или другого формата, такого как xgmml, csv, edgelist) из networkx или igraph (python или R) в этот формат SBML. Я считаю, что должен быть простой способ, но... я не могу его н…
04 фев '20 в 12:01
1
ответ
Ошибка при использовании класса CupSodaSimulator в ОС PySB
Я использую PySBбиблиотека для дипломного проекта. Первоначальная цель - смоделироватьSBML на GPU с помощью pysb/cupSODA интерфейс, предоставляемый CupSodaSimulator класс pysb.simulator.cupsodaмодель. Я написал простой скрипт Python from pysb.import…
11 авг '20 в 01:08
0
ответов
Извлекайте данные о реакциях в виде графиков из Reactome
Я пытаюсь извлечь данные о реакциях из Reactome . Я хотел бы видеть каждую реакцию в виде графика, имеющего: список участвующих субъектов (входы и выходы) длиной N. Матрица смежности графа, как двоичный мартикс размером NxN, представляющая граф, пре…
28 июн '21 в 01:16
0
ответов
PyViPR не может загрузить файл SBML (SbmlTranslationError)
Я пытаюсь использовать интерфейс PySB в PyViPR для загрузки моей модели SBML (xml), созданной на основе метаболической модели в масштабе генома Human1. pyvipr.pysb_viz.sp_rxns_bidirectional_view('./mymodel.xml') Не работает, вот последняя часть сооб…
30 авг '21 в 18:35
0
ответов
реакция ECOAH3 не блокируется, но не работает
Я использовал геном NCBI GCF_000009365.1 для построения модели с CarveMe v1.0. SBML Level 3 Version 1. Я работаю над ним с помощью кобрапии на python 3.9.7. В модели есть путь, который я хочу исследовать. Все реакции на этом пути не блокируются, но …
26 дек '21 в 16:44
2
ответа
Глиф/график/макет SBML
Знаете ли вы, как создать рисунок или график, который я могу преобразовать или экспортировать в SVG из своих моделей SBML. Или, может быть, напрямую сгенерировать SVG из модели SBML, записанной в XML? Я читал документацию, но это не помогает мне в э…
11 янв '22 в 21:39
1
ответ
Как прочитать атрибуты файла sbml с помощью libsbml
У меня есть модель sbml от Reactome, вы можете скачать ее с https://reactome.org/content/detail/R-HSA-156581 и нажав sbml. Для <reaction>, некоторые из них имеют атрибут , и я пытаюсь использовать для этого libsbml или cobrapy. Мой код читает …
20 янв '21 в 17:14
1
ответ
Установка пакета amici Python — компилятор C не может создать простую тестовую программу
Я пытаюсь установить пакет Python AMICI. Я следую руководству на этой странице: https://amici.readthedocs.io/en/latest/python_installation.html . Я хотел бы использовать AMICI для создания проблемы SBML в PyPesto, используя формат PEtab. Я использую…
26 июн '23 в 13:16