реакция ECOAH3 не блокируется, но не работает
Я использовал геном NCBI GCF_000009365.1 для построения модели с CarveMe v1.0. SBML Level 3 Version 1. Я работаю над ним с помощью кобрапии на python 3.9.7. В модели есть путь, который я хочу исследовать. Все реакции на этом пути не блокируются, но одна из них не работает: когда я делаю это целью, результат model.slim_optimize() равен 0,0. реакции до и после него в пути дают высокие результаты. реакция в модели:
</reaction>
<reaction id="R_ECOAH3" name="3-hydroxyacyl-CoA dehydratase (3-hydroxyoctanoyl-CoA)" reversible="true" fast="false" fbc:lowerFluxBound="cobra_default_lb" fbc:upperFluxBound="cobra_default_ub">
<notes>
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<p>EC Number: 4.2.1.74</p>
<p>BioCyc: META:RXN-14276</p>
<p>BioPath Reaction: RXN01410</p>
<p>MetaNetX (MNX) Equation: MNXR1867</p>
<p>RHEA: 31199;31200;31201;31202</p>
<p>KEGG Reaction: R04746</p>
<p>GENE_ASSOCIATION: (G_WP_011587812_1 or G_WP_011588933_1 or G_WP_011589827_1 or G_WP_041705107_1)</p>
</html>
</notes>
<listOfReactants>
<speciesReference species="M_3hocoa_c" stoichiometry="1" constant="true"/>
</listOfReactants>
<listOfProducts>
<speciesReference species="M_h2o_c" stoichiometry="1" constant="true"/>
<speciesReference species="M_oc2coa_c" stoichiometry="1" constant="true"/>
</listOfProducts>
<fbc:geneProductAssociation>
<fbc:or>
<fbc:geneProductRef fbc:geneProduct="G_G_WP_011587812_1"/>
<fbc:geneProductRef fbc:geneProduct="G_WP_011588933_1"/>
<fbc:geneProductRef fbc:geneProduct="G_WP_011589827_1"/>
<fbc:geneProductRef fbc:geneProduct="G_WP_041705107_1"/>
</fbc:or>
</fbc:geneProductAssociation>
</reaction>
есть идеи, почему это не работает?