Ошибка при использовании класса CupSodaSimulator в ОС PySB

Question

Я использую PySBбиблиотека для дипломного проекта. Первоначальная цель - смоделироватьSBML на GPU с помощью pysb/cupSODA интерфейс, предоставляемый CupSodaSimulator класс pysb.simulator.cupsodaмодель. Я написал простой скрипт Python

from pysb.importers.sbml import model_from_sbml
from pysb.simulator.cupsoda import CupSodaSimulator

filename="BIOMD0000000005_url.xml"
model = model_from_sbml(filename=filename)
simulator = CupSodaSimulator(model=model)

но я получаю следующую ошибку

AttributeError                            Traceback (most recent call last)
<ipython-input-5-b1ba6e155a18> in <module>
----> 1 simulator = CupSodaSimulator(model=model)

~/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/pysb/simulator/cupsoda.py in __init__(self, model, tspan, initials, param_values, verbose, **kwargs)
    197 
    198         # generate the equations for the model
--> 199         pysb.bng.generate_equations(self._model, self._cleanup, self.verbose)
    200 
    201         # build integrator options list from our defaults and any kwargs

~/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/pysb/bng.py in generate_equations(model, cleanup, verbose, **kwargs)
    729     if model.reactions:
    730         return
--> 731     lines = iter(generate_network(model, cleanup=cleanup,
    732                                   verbose=verbose, **kwargs).split('\n'))
    733     _parse_netfile(model, lines)

~/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/pysb/bng.py in generate_network(model, cleanup, append_stdout, verbose, **kwargs)
    670         bngfile.action('generate_network', overwrite=True,
    671                        verbose=bng_action_debug, **kwargs)
--> 672         bngfile.execute()
    673 
    674         output = bngfile.read_netfile()

~/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/pysb/bng.py in execute(self, reload_netfile, skip_file_actions)
    441             output = ''
    442             if self.model and not reload_netfile:
--> 443                 output += self.generator.get_content()
    444             if reload_netfile:
    445                 filename = reload_netfile if \

~/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/pysb/generator/bng.py in get_content(self)
     24     def get_content(self):
     25         if self.__content == None:
---> 26             self.generate_content()
     27         return self.__content
     28 

~/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/pysb/generator/bng.py in generate_content(self)
     29     def generate_content(self):
     30         self.__content = "begin model\n"
---> 31         self.generate_parameters()
     32         self.generate_compartments()
     33         self.generate_molecule_types()

~/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/pysb/generator/bng.py in generate_parameters(self)
     40 
     41     def generate_parameters(self):
---> 42         exprs = self.model.expressions_constant()
     43         if not self.model.parameters and not exprs:
     44             return

~/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/pysb/core.py in expressions_constant(self)
   1974     def expressions_constant(self):
   1975         """Return a ComponentSet of constant expressions."""
-> 1976         cset = ComponentSet(e for e in self.expressions
   1977                             if e.is_constant_expression())
   1978         return cset

~/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/pysb/core.py in __init__(self, iterable)
   2253         self._index_map = {}
   2254         if iterable is not None:
-> 2255             for value in iterable:
   2256                 self.add(value)
   2257 

~/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/pysb/core.py in <genexpr>(.0)
   1975         """Return a ComponentSet of constant expressions."""
   1976         cset = ComponentSet(e for e in self.expressions
-> 1977                             if e.is_constant_expression())
   1978         return cset
   1979 

~/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/pysb/core.py in is_constant_expression(self)
   1642                    (isinstance(a, Expression) and a.is_constant_expression()) or
   1643                    isinstance(a, sympy.Number)
-> 1644                    for a in self.expr.atoms())
   1645 
   1646     def get_value(self):

~/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/sympy/core/basic.py in atoms(self, *types)
    521             result = {node for node in nodes if isinstance(node, types)}
    522         else:
--> 523             result = {node for node in nodes if not node.args}
    524         return result
    525 

~/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/sympy/core/basic.py in <setcomp>(.0)
    521             result = {node for node in nodes if isinstance(node, types)}
    522         else:
--> 523             result = {node for node in nodes if not node.args}
    524         return result
    525 

AttributeError: 'str' object has no attribute 'args'

Есть кто-нибудь, кто знает, как решить эту проблему?

Answer 1

Это ошибка управления версиями Sympy, из-за которой 1.6 нарушила совместимость (https://github.com/pysb/pysb/issues/503). Исправление уже есть, но еще не добавлено. Если вы устанавливаете Sympy с версией ниже 1.6 (работает 1.5), эта ошибка должна исчезнуть. Кроме того, если у вас есть другие проблемы с ошибками PySB, вы всегда можете опубликовать их на github ( https://github.com/pysb/pysb/issues) или проверить наш gitter ( https://gitter.im/pysb)