Описание тега pysb
PySB - это среда Python для моделирования системной биологии.
1
ответ
Введение строки YAML в скрипт Python
Я работаю над кодом Python, способным читать файл YAML и генерировать модель на основе правил в PySB. Новое правило в файле YAML указывается так: --- !rule name: L_binds_R reaction: L(unbound) + R(inactive) >> L(bound)%R(active) rates: - Kf Пр…
20 фев '17 в 17:05
1
ответ
Добавление BioNetGen в среду Анаконды
Я пытаюсь использовать PySB с Anaconda3 и Windows7. Я добавил соответствующие зависимости (numpy, scipy, sympi, perl) в рабочую среду. Однако я борюсь с программой BioNetGen. Я загрузил его и добавил путь к BNG, но не могу добавить его в свою среду.…
06 авг '16 в 08:17
2
ответа
run_ssa в PySB библиотека рабочий пример?
Я старался run_ssa из библиотеки Python PySB с использованием имитационной модели ODE "Hello world" (замена концентраций соответствующим молекулярным числом и преобразование детерминированных скоростей в стохастические эквиваленты). Это траектории, …
04 мар '14 в 11:06
1
ответ
Ошибка при использовании класса CupSodaSimulator в ОС PySB
Я использую PySBбиблиотека для дипломного проекта. Первоначальная цель - смоделироватьSBML на GPU с помощью pysb/cupSODA интерфейс, предоставляемый CupSodaSimulator класс pysb.simulator.cupsodaмодель. Я написал простой скрипт Python from pysb.import…
11 авг '20 в 01:08