Что такое язык разметки системной биологии?
Может кто-нибудь резюмировать, что такое SBML? Что означает аббревиатура и какова ее цель? Я слышал, это как-то связано с системной биологией и компьютерной биологией? В какой вычислительной биологии он используется?
1 ответ
SBML - это сокращение от языка разметки системной биологии. Это формат обмена на основе XML для вычислительных моделей в системной биологии и вычислительной биологии. В его основе лежит описание моделей, основанных на процессах, через реакции и виды. SBML является де-факто стандартом для обмена такими вычислительными моделями и широко используется для кодирования моделей кинетических путей (например, метаболических путей или сигнальных сетей) или моделей метаболизма на основе ограничений (например, анализ баланса потоков). SBML состоит из основного языка и пакетов, расширяющих его возможности дополнительными функциями. Например, есть пакет для построения иерархической модели или для анализа баланса потоков. Для получения дополнительной информации см.:
- http://sbml.org/
- последняя спецификация языка: Уровень 3 Версия 2 (L3V2)
- Исходный документ с описанием SBML: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12611808