Описание тега genomicranges

Вопросы с тегом
2 ответа

Получите диапазоны для синонимичных и не синонимичных положений нуклеотидов в кодоне отдельно

У меня есть объект GRanges (координаты всех экзонов гена); coding_pos определяет начальную позицию кодона в конкретном экзоне (1 означает, что первый нуклеотид в экзоне также является первым nt в кодоне и т. д.). самgrTargetGene выглядит так > gr…
22 ноя '18 в 10:23
0 ответов

Ключ 112 (char 'p') отсутствует в таблице поиска в Biostrings после вызова getPromoterSeq (пакет GenomicFeatures)

Ошибка при попытке получить последовательность промотора из TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene с помощью getPromoterSeq (пакет GenomicFeatures) library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene) library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19) library(Homo.sapiens) prom…
13 фев '19 в 21:40
1 ответ

Должен ли метод as.data.table для GRanges по умолчанию изменять исходный объект по ссылке?

При использовании функции as.data.table() из пакета data.table для создания data.table из объекта GRanges вызывается метод по умолчанию ( https://github.com/Rdatatable/data.table/blob/master/R/as.data.table.R#L8-L10). Это приводит к проблеме, заключ…
26 июл '17 в 15:08
0 ответов

setdiff with GenomicRanges: нет метода для приведения этого класса S4 к вектору

Я использую setdiff() с двумя объектами GR, и до обновления R на моем компьютере мой код работал нормально: library(GenomicFeatures) library(data.table) library("TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene") txdb<-TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene introns<-in…
06 дек '16 в 01:13
1 ответ

Применение пользовательской функции к data.table by row возвращает неверное количество значений

Я новичок в data.tables и у меня есть таблица, содержащая геномные координаты ДНК, например: chrom pause strand coverage 1: 1 3025794 + 1 2: 1 3102057 + 2 3: 1 3102058 + 2 4: 1 3102078 + 1 5: 1 3108840 - 1 6: 1 3133041 + 1 Я написал пользовательскую…
10 янв '17 в 05:12
2 ответа

Получить конкретный диапазон, который перекрывается

У меня есть два кадра данных: cnv_1 chr start end 3 62860387 63000898 12 31296219 31406907 14 39762575 39769146 19 43372386 43519442 19 56419263 56572829 cnv_2 chr start end 6 30994163 30995078 19 43403531 44608011 18 1731154 1833682 3 46985863 4716…
01 дек '16 в 12:11
0 ответов

Нахождение локальных координат в линейных интервалах

У меня есть data.frame с interval координаты (экзонов и экзонов кодирующих последовательностей, транскриптов генов): df <- data.frame(seqnames=rep("chr1",24), start=c(3670552,3670552,3421702,3421702,3214482,3216025,4807823,4807914,4808455,4808455…
13 апр '18 в 21:47
0 ответов

Выборка в пределах диапазона

У меня проблемы с выборкой на определенном фоне или без каких-либо возможностей. Я пытаюсь создать функцию R, которая перемешивает области генома. На данный момент функция работает хорошо и выполните следующие шаги: Извлекает все длины геномных обла…
12 апр '17 в 08:37
1 ответ

Rolling Join, чтобы найти геномные регионы

Быстрая версия заключается в том, что я хочу найти все совпадения на определенном расстоянии от определенных значений. Пример: library(data.table) reads <- structure(list(seqnames = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1), start = c(100, 100, 100, 130, 130, 132, …
11 дек '18 в 15:03
1 ответ

Итерация всех комбинаций значений в парном сравнении строк в Python

У меня есть фрейм данных с геномными ячейками в следующем формате. Каждый геномный диапазон представлен в виде строки, и значение ячейки соответствует этому началу бина. 0 1 2 3 4 5 ... 522 0 9248 9249 NaN NaN NaN NaN ... NaN 1 17291 17292 17293 172…
10 май '17 в 06:19
0 ответов

Добавьте столбцы, которые суммируют результаты в диапазоне

У меня есть файл парика, который я прочитал в подобный granges объект, используя функцию, которую я написал, которая вызывает rtracklayer пакет: read_wig <- function(x, format='wig', genome='mm9') { suppressMessages(library(rtracklayer)) merged_w…
03 янв '18 в 20:18
2 ответа

Получите частоту совпадений геномных диапазонов в R

Я использовал пакет GenomicRanges R, чтобы найти совпадения между двумя наборами геномных диапазонов. Выходные данные функции findOverlaps дают две информации: 1. номера строк диапазонов, которые перекрывают список формы A 2. номера строк диапазонов…
21 авг '18 в 16:31
2 ответа

Разбиение блока данных на перекрывающиеся группы одинакового размера

Я ищу способ разбить мои данные на группы, где каждая группа состоит из того же размера окна, который я определяю. Chrom Start End chr1 1 10 chr1 11 20 chr1 21 30 chr1 31 40 Например, если я хочу размер окна 20, то группы будут: 1-20, 11-30, 21-40. …
23 апр '18 в 08:01
1 ответ

Усредненные значения по окну GRanges

Я пытаюсь найти среднее значение по определенному окну мета-столбца в объекте GRanges. Итак, у меня есть объект данных: > gr.data GRanges object with 10505026 ranges and 1 metadata column: seqnames ranges strand | value <Rle> <IRanges&gt…
01 дек '16 в 14:48
1 ответ

Агрегированные бункеры в больших GRANGE эффективно

У меня есть SummarizedExperiment (но мы можем считать его GRanges). Я хочу уменьшить количество интервалов, сохраняя только одну строку для каждого идентичного смежного mcol(gr)важно также отслеживать новый интервал продления. Большое спасибо! gr &l…
08 сен '16 в 22:58
1 ответ

Как динамически создавать пустые GRanges?

Я хочу создать пустой объект GRanges (из пакета GenomicRanges) dynamicicall. Если у нас есть два альтернативных варианта, opt1 и opt2, мы можем написать статически как: library(GenomicRanges) GRanges(seqnames=NULL,ranges=NULL,strand=NULL, opt1=NULL,…
10 янв '18 в 03:50
2 ответа

Granges - (слева) присоединиться

У меня есть два объекта Granges, и я хотел бы, чтобы они были объединены для объединения обоих GRanges, даже если метаданные не существуют в обоих объектах. > t GRanges object with 2 ranges and 5 metadata columns: seqnames ranges strand | pvalue …
06 авг '18 в 17:51
1 ответ

Можно ли загрузить файл.Rdata Granges под определенным именем?

Я пытаюсь открыть файл Granges и хочу сохранить его под определенным именем, а не именем файла, чтобы впоследствии я мог использовать этот файл в функциях и циклах. Следующее работает нормально, но сохраняет файл под именем "grs". load("~/data/grs_x…
29 окт '18 в 11:36
1 ответ

ISCN- из геномных координат

Я получил большую таблицу с геномными координатами CNV, найденную в нашей когорте: CNV chr1:146458850-148003653 Я хотел бы добавить следующие данные в таблицу:Международная система цитогенетической номенклатуры человека (ISCN), размер cnv, названия …
19 авг '18 в 11:07
0 ответов

Сделать окно вокруг позиции и получить значения из другого data.frame для бинов указанного окна

Я хотел бы взять "start_position" для каждого гена в моем data.frame и нарисовать окно из 100000 базисов вверх по течению и 100000 базисов вниз по течению (каждое в 200 базовых окнах, так что 500 окон вверх / вниз по течению от "start_position") и п…
11 янв '18 в 03:26