R объединяет вывод findOverlaps и countOverlaps

У меня есть два набора IRanges для сравнения. Моя цель состоит в том, чтобы получить выходные данные, которые имеют положение перекрытий, если оно существует, и смещение диапазонов, указанных как отрицательное начало, если они не перекрываются. По крайней мере, если я не могу получить смещение, я хотел бы получить "0", чтобы указать, что нет перекрытия. Например:

xx<-IRanges(start=c(2,9,19,31,45), end=c(3,11,23,35,49))

        IRanges of length 5
     start end width
[1]      2   3     2
[2]      9  11     3
[3]     19  23     5
[4]     31  35     5
[5]     45  49     5

а также

yy<-IRanges(start=c(4,10,19,33,45), end=c(5,13,25,38,48))

IRanges of length 5
     start end width
[1]      4   5     2
[2]     10  13     4
[3]     19  25     7
[4]     33  38     6
[5]     45  48     4

Использование диапазонов findOverlaps + дает мне:

> fo <-findOverlaps(xx,yy)
> ranges(fo, xx, yy)
IRanges of length 4
    start end width
[1]    10  11     2
[2]    19  23     5
[3]    33  35     3
[4]    45  48     4

Я хотел бы, чтобы конечный результат был кадром данных или что-то вроде этого:

       start end width
[1]     -1   0     0
[2]     10  11     2
[3]     19  23     5
[4]     33  35     3
[5]     45  48     4

Я могу получить индексы диапазонов, которые перекрываются, используя countOverlaps, и объект совпадений для сравнения, используя findOverlaps + диапазоны, но я не знаю, как объединить результаты, чтобы получить желаемый результат.

Источник

2 ответа

Решение
library(IRanges)

f <- function(a,b)
{
  s <- max(a$start,b$start)  
  e <- min(a$end,b$end)

  if ( s <= e )
  {
    ovlp <- c( start = s,
               end   = e,
               width = e-s+1 )
  } else
  {
    ovlp <- c( start = e-s,
               end   = 0,
               width = NA )
  }

  return(ovlp)
}

findOvlp <- function( X, Y )
{
  if ( length(X) != length(Y) ){ stop("length(X) != length(Y)") }

  n <- length(X)

  X.df <- as.data.frame(X)
  Y.df <- as.data.frame(Y)

  Z <- data.frame( start = rep(NA,length(X)),
                   end   = rep(NA,length(X)),
                   width = rep(NA,length(X)) )

  for ( i in 1:n ) { Z[i,] <- f(X.df[i,],Y.df[i,]) }

  return( Z )
}

,

> xx<-IRanges(start=c(2,9,19,31,45), end=c(3,11,23,35,49))

> yy<-IRanges(start=c(4,10,19,33,45), end=c(5,13,25,38,48))

> findOvlp(xx,yy)
  start end width
1    -1   0    NA
2    10  11     2
3    19  23     5
4    33  35     3
5    45  48     4
Источник

Я думаю, что вам нужно это pintersect функция в IRanges,

library(IRanges)
xx <- IRanges(start=c(2,9,19,31,45), end=c(3,11,23,35,49))
yy <- IRanges(start=c(4,10,19,33,45), end=c(5,13,25,38,48))

pintersect(xx, yy)
# IRanges of length 5
#     start end width
# [1]     4   3     0
# [2]    10  11     2
# [3]    19  23     5
# [4]    33  35     3
# [5]    45  48     4

width = 0 указывает на отсутствие перекрытий.

Источник
Другие вопросы по тегам