Как передать аргументы внутри функции в макросе imageJ?

Question

Я хочу передать foldername в функцию run() и функцию save(), но они находятся в кавычках, и я не знаю, как передать имена переменных.

Я сгенерировал функции run() и save(), используя команду записи в imageJ.

Цель данной программы - автоматизировать процесс запуска плагина "T2 analysis mouse" на нескольких папках. Любые другие твиты или помощь будут оценены.

Я нашел этот источник в Интернете https://imagej.nih.gov/ij/macros/ArgumentPassingDemo.txt но он не работает.

Я пробовал несколько способов, включая /&foldername/3 T2&filename/3 T2/&foldername 3 T2``/&foldername3 T2/&filename 3 T2``/&filename3 T2Вот код, который я написал:

function makeT2(foldername)
{
    filename = foldername;
    print(filename);
    run("T2 Analysis mouse", "select=[/Users/Vineeth/Desktop/New stuff Feb 5/&filename 3 T2] 
        image=[32-bit Signed] width=256 height=128 offset=0 number=902 gap=0 little-endian");
    run("Save", "save=[/Users/Vineeth/Desktop/New stuff Feb 5/&foldername3 T2/T2map.tif]");
    close();
}

folders = getFileList("/Users/Vineeth/Desktop/New stuff Feb 5/");

for( i = 0; i < folders.length; i++)
{
  print(folders[i]);
  file = getFileList("/Users/Vineeth/Desktop/New stuff Feb 5/" + folders[i]);
  for( j = 0; j < file.length; j++)
  {
    if(file[j] == "3 T2/")
    {
      print("made t2 for  " + folders[i] + file[j]);
      makeT2(folders[i]);

    }
  }
}

Различные print() функции предназначены для тестирования кода, и код в основном работает ожидаемо для функции makeT2.

Это ошибка:

java.lang.NullPointerException
at T2_Analysis_mouse.getImage(T2_Analysis_mouse.java:183)
at T2_Analysis_mouse.run(T2_Analysis_mouse.java:56)
at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:183)
at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:150)
at ij.Executer.runCommand(Executer.java:124)
at ij.Executer.run(Executer.java:61)
at ij.IJ.run(IJ.java:249)
at ij.macro.Functions.doRun(Functions.java:561)
at ij.macro.Functions.doFunction(Functions.java:79)
at ij.macro.Interpreter.doStatement(Interpreter.java:203)
at ij.macro.Interpreter.doBlock(Interpreter.java:518)
at ij.macro.Interpreter.runUserFunction(Interpreter.java:278)
at ij.macro.Interpreter.doStatement(Interpreter.java:206)
at ij.macro.Interpreter.doBlock(Interpreter.java:518)
at ij.macro.Interpreter.doStatement(Interpreter.java:239)
at ij.macro.Interpreter.doIf(Interpreter.java:852)
at ij.macro.Interpreter.doStatement(Interpreter.java:215)
at ij.macro.Interpreter.doBlock(Interpreter.java:518)
at ij.macro.Interpreter.doStatement(Interpreter.java:239)
at ij.macro.Interpreter.doFor(Interpreter.java:464)
at ij.macro.Interpreter.doStatement(Interpreter.java:221)
at ij.macro.Interpreter.doBlock(Interpreter.java:518)
at ij.macro.Interpreter.doStatement(Interpreter.java:239)
at ij.macro.Interpreter.doFor(Interpreter.java:464)
at ij.macro.Interpreter.doStatement(Interpreter.java:221)
at ij.macro.Interpreter.doStatements(Interpreter.java:191)
at ij.macro.Interpreter.run(Interpreter.java:102)
at ij.macro.Interpreter.run(Interpreter.java:72)
at ij.macro.MacroRunner.run(MacroRunner.java:124)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:695)

а это логи после запуска програна:

LeeMouseOld_30Jan18.LH1/
made t2 for  LeeMouseOld_30Jan18.LH1/3 T2/
LeeMouseOld_30Jan18.LH1/
Please choose a directory where the T1 or T2 folder is the last item in the path (i.e. 5_t1 or 6_t2)
Directory return for General T folder: /Users/Vineeth/Desktop/New stuff Feb 5/&filename 3 T2/
Please adjust import settings to:
Image type: 32-bit signed
Width: 128 pixels
Height: 256 pixels
Number of images: 50 images
Check Little-endian byte order

Как вы видете &filename остается прежним, но я хочу, чтобы данные в переменной filename быть на своем месте.

Answer 1

Используйте конкатенацию строк:

run("T2 Analysis mouse", "select=[/Users/Vineeth/Desktop/New stuff Feb 5/" + filename + " 3 T2] 
        image=[32-bit Signed] width=256 height=128 offset=0 number=902 gap=0 little-endian");
run("Save", "save=[/Users/Vineeth/Desktop/New stuff Feb 5/" + foldername + "3 T2/T2map.tif]");

Смотрите документацию по функциям макросов (выделение добавлено):

run ("команда"[, "опции"])

Выполняет команду меню ImageJ. Необязательный второй аргумент содержит значения, которые автоматически вводятся в диалоговые окна (должны быть GenericDialog или OpenDialog). Используйте Command Recorder (Плагины> Макросы> Запись) для генерации вызовов функций run(). Используйте конкатенацию строк для передачи переменной в качестве аргумента. В ImageJ 1.43 и более поздних версиях переменные можно передавать без объединения строк, добавляя "&" к имени переменной. Для примера, смотрите макрос ArgumentPassingDemo.

Упомянутый синтаксис & не работает в квадратных скобках [] в строке опции.

Ряд вопросов на форуме ImageJ также обсуждают это.