Проблемы с выбором после Bio Format Importer, czi и zvi Files, ImageJ

Question

Здравствуйте, я использую ImageJ для анализа файлов -czi и -zvi. Я использую автоматический выбор с "создать выбор" или "анализировать частицы". Это хорошо работает при открытии / импорте файлов с ImageJ. Но когда я пытаюсь использовать плагин для импорта Bio-Format с теми же картинками, он не работает. Не мои предполагаемые ROIS выбраны, но фон или даже ничего. С использованием плагина что-то меняется в параметрах картинки, и я не знаю, что это такое или как отменить это. У кого-нибудь есть идея?

Answer 1

Одно из реализованных мной решений - это изменение масштаба. Мои оригинальные файлы используют пиксели, тогда как импортер BioFormat преобразует масштаб в микроны.

Анализ -> Установить масштаб... -> Нажмите, чтобы удалить масштаб или изменение масштаба решает одну часть проблемы.

Для макроса следующий код восстанавливает масштаб:

run("Set Scale...", "distance=0 known=0 pixel=1 unit=pixel");

Все еще кое-что об изменениях значений цвета, я не могу найти, создание выделения все еще не работает должным образом.