Био-форматное преобразование файла LIF с разделенным временным шагом и разделенным каналом (макрос ImageJ)

Question

Я пытаюсь открыть файл LIF (формат Leica) с ImageJ в макросе. Файл LIF содержит 4 "серии LIF" с 52 или 45 временными шагами. Каждый временной шаг содержит 3 канала.

filepath = "/mydirectory/myfile.lif";
out = "/mydirectory/myTIFF/";
run("Bio-Formats Importer", "open=["+ filepath + "] color_mode=Default split_timepoints split_channels view=Hyperstack stack_order=XYCZT");
for(myt ...) { // I don't know how having all the UNIQUE timestep of all the series
    for(mych=0;mych<3;mych++) {
        saveAs("Tiff", "save=[" + out + "/myID" + "_t" + myt + "_ch" + mych + ".tif" + "]");
    }
}

Я хочу сохранить как TIFF один файл на временной шаг + канал.

Но 1: я не могу открыть серию с опциями "split_channels" и "split_timepoins", вызывая сбой ImageJ (недостаточно памяти) 2: я не могу открыть все серии автоматически, вызывая сбой ImageJ... И я не знаю, как я могу откройте серию один за другим. Или / и временной шаг один за другим

Знаете ли вы, как я могу открыть временный шаг за временным шагом файл LIF и автоматически сохранить его на Фиджи? Или как я могу разделить канал и временной интервал файла LIF?

Answer 1

Я нахожу то, что мне было нужно! Теперь я могу работать серией за серией.

Ext.setId(path);// Initializes the given path (filename).
Ext.getSeriesCount(seriesCount); // Gets the number of image series in the active dataset.

Я должен сделать код для генерации уникального временного шага, но это должно быть хорошо.

Источник