TPM для TCGA и GTEX RNA

Question

Как преобразовать TCGA RNA normalized_count в значения TPM, рассчитанные для GTEx. Прямо сейчас значения TPM на GTEx значительно меньше, чем значения TCGA.

Таблицы, на которые я смотрю, находятся на BigQuery:

`isb-cgc.TCGA_hg19_data_v0.RNAseq_Gene_Expression_UNC_RSEM`

а также

`isb-cgc.GTEx_v7.gene_tpm`

Спасибо, Эйлалан

Answer 1

Для преобразования между двумя шкалами вам потребуются необработанные счетчики чтения. Для данных TCGA в таблице доступны необработанные счетчики чтения для набора данных hg38.isb-cgc:TCGA_hg38_data_v0.RNAseq_Gene_Expression. ISB-CGC в настоящее время обновляет таблицу TCGA hg19 RNAseq, чтобы включить в нее необработанные счетчики чтения. ISB-CGC также сделает доступной обновленную таблицу GTEx до v8.