googlegenomics с dsub: не можете найти эталонный геном?

Question

Я пытался запустить Bismark в облаке Google, используя DSUB. Кажется, что файлы журнала указывают на то, что эталонный геном не был скопирован / найден (?). Я проверил, и справочные файлы присутствуют, и путь к файлу в облаке правильный. Что я делаю неправильно?

Моя команда dsub:

dsub \
  --project "my_project" \
  --zones "us-central1-a" \
  --logging "gs://bismk/test/logging" \
  --vars-include-wildcards \
  --disk-size 200 \
  --image "us.gcr.io/my_project/bismark" \
  --command 'bismark --bowtie2 --bam "gs://bismk/UCSC_refGenomes/hg38/" -1 "gs://bismk/test/out/Sample1_PE_R1_val_1.fq.gz" -2  "gs://bismk/test/out/Sample1_PE_R2_val_2.fq.gz" -o "gs://bismk/test/out/*"' \
  --wait

И файл журнала в облаке Google:

2017/09/03 17:58:13 I: Switching to status: pulling-image
2017/09/03 17:58:13 I: Calling SetOperationStatus(pulling-image)
2017/09/03 17:58:13 I: SetOperationStatus(pulling-image) succeeded
2017/09/03 17:58:13 I: Pulling image "us.gcr.io/my_project/bismark"
2017/09/03 17:58:59 I: Pulled image "us.gcr.io/my_project/bismark" successfully.
2017/09/03 17:58:59 I: Done copying files.
2017/09/03 17:58:59 I: Switching to status: running-docker
2017/09/03 17:58:59 I: Calling SetOperationStatus(running-docker)
2017/09/03 17:58:59 I: SetOperationStatus(running-docker) succeeded

2017/09/03 17:58:59 I: Setting these data volumes on the docker container: [-v /tmp/ggp-157726006:/tmp/ggp-157726006 -v /mnt/datadisk:/mnt/data]
2017/09/03 17:58:59 I: Running command: docker run -v /tmp/ggp-157726006:/tmp/ggp-157726006 -v /mnt/datadisk:/mnt/data -e _SCRIPT=#!/bin/bash
bismark --bowtie2 --bam "gs://bismk/UCSC_refGenomes/hg38/" -1 "gs://bismk/test/out/Sample1_PE_R1_val_1.fq.gz" -2  "gs://bismk/test/out/Sample1_PE_R2_val_2.fq.gz" -o "gs://bismk/test/out/*" us.gcr.io/my_project/bismark /tmp/ggp-157726006

2017/09/03 17:59:00 E: command failed: Path to Bowtie 2 specified as: bowtie2
Bowtie seems to be working fine (tested command 'bowtie2 --version' [2.3.2])
Output format is BAM (default)
Alignments will be written out in BAM format. Samtools found here: '/usr/local/bin/samtools'
Failed to move to gs://bismk/UCSC_refGenomes/hg38/: No such file or directory
USAGE: bismark [options] <genome_folder> {-1 <mates1> -2 <mates2> | <singles>} [<hits>]    (--help for more details)

(статус выхода 2)

---