setdiff with GenomicRanges: нет метода для приведения этого класса S4 к вектору

Question

Я использую setdiff() с двумя объектами GR, и до обновления R на моем компьютере мой код работал нормально:

library(GenomicFeatures)
library(data.table)
library("TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene")
txdb<-TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene
introns<-intronsByTranscript(txdb)
exons<-exons(txdb)
minimal_introns<-setdiff(unlist(introns),exons,ignore.strand=F)

но теперь у меня есть эта ошибка:

Error in setdiff(unlist(introns), unlist(exons), ignore.strand = F) : unused argument (ignore.strand = F)

если я запускаю setdiff() без ignore.strand= F I, это:

Error in as.vector(x) : no method for coercing this S4 class to a vector

Я нашел сообщение, в котором предлагается какая-то проблема с файлом NAMESPACE https://stat.ethz.ch/pipermail/bioconductor/2014-September/061440.html

Но я не знаю, где найти этот файл NAMESPACE и как его исправить.