Описание тега elastix-itk
Elastix - это набор инструментов для жесткого и нежесткого совмещения изображений на основе ITK. Не путать с сервером унифицированных коммуникаций Elastix.
0
ответов
Регистрация изображений Elastix: как применить преобразование уровня низкого разрешения к уровню полного разрешения?
Я публикую здесь вопрос, размещенный на сайте GitHub Elastix. Я новичок в обработке Elastix. Я использую его для больших изображений слайдов (WSI). Я использую параметры файла, которые я нашел в базе данных. Проблема в том, что обработка занимает сл…
07 июн '18 в 09:06
0
ответов
Как вы можете повторно использовать ImagePyramids в SimpleElastix?
Я использую SimpleElastix для регистрации изображений. Я пытаюсь выровнять различные изображения (или движущиеся изображения) к одному и тому же шаблону (фиксированное изображение). Одна из самых медленных частей Preparation of the image pyramids, К…
28 авг '18 в 11:40
0
ответов
Elastix плохо работает для разных разрешений в разных измерениях
Я работаю над проектом, в котором я хочу зарегистрировать 3D MR изображения от того же пациента. Изображения строятся путем наложения двухмерных субизображений друг на друга, слой за слоем, чтобы сформировать трехмерный кубоид. Фиксированные изображ…
18 июн '18 в 20:32
0
ответов
Проблемы установки SimpleElastix в Ubuntu для Python
Я пытаюсь установить SimpleElastix/SimpleITK на компьютер с Ubuntu для Python2 или 3, в зависимости от того, что мы можем приступить к работе. Использование pip install не работает, так как различные методы не импортируют (например, "GetDefaultParam…
11 июн '18 в 19:34
0
ответов
Как я могу выполнить регистрацию 3D-изображения с помощью SimpleElastix из Python?
Я пытаюсь зарегистрировать два 3d тома. Попытка этого может быть найдена здесь. Сначала код генерирует два разных тома, каждый из которых содержит ровно одну сферу радиуса 4. Затем я пытаюсь выровнять их, используя карту параметров перевода по умолч…
16 май '18 в 11:57
0
ответов
Используйте оптимизатор CMAES в Elastix, Как определить класс TElastix?
Я пытаюсь написать свой собственный метод регистрации с использованием iTk и elastix, у меня есть некоторый опыт работы с iTk, но я только начал использовать его расширение под названием Elastix. Я хочу использовать оптимизатор CMAES в elastix, чтоб…
04 июл '16 в 10:24
0
ответов
Как сделать жесткую регистрацию, основанную на сходстве NMI и использовании техники оптимизации LBFGS для населения?
Я новичок в SimpleITK и регистрации с использованием SimpleElastix. У меня есть набор МРТ пациентов с соответствующими объемами этикеток. Я сделал groupwise зарегистрируйтесь, следуя инструкции в SimpleElastix, как на изображении, так и на этикетке.…
19 дек '18 в 07:59
1
ответ
Как определить, завис ли клиент или агент?
У меня есть сервер elastix4, но у меня большая проблема. Я не знаю, как найти, кто повесил трубку (агент или клиент). Как я могу определить, завис ли клиент или агент?
08 май '18 в 16:22
1
ответ
SimpleITK::ERROR: Ошибка в администрировании дочернего процесса: [Нет такого файла или каталога]
Мой код Python: import SimpleITK as sitk resultImage = sitk.Elastix(sitk.ReadImage("fixedImage.nii"), \ sitk.ReadImage("movingImage.nii"), \ "translation") sitk.Show(resultImage, 'test', debugOn=True) Я получаю эту ошибку: Traceback (последний вызов…
09 окт '17 в 13:05
0
ответов
Поле деформации SimpleElastix равно нулю
У меня аналогичная / та же проблема, что и опубликованная здесь: Простая проблема ITK при сохранении поля деформации: поле деформации пусто Я также использую SimpleElastix 1.2.0rc2.dev1162-g2a79d с Python3, Anaconda Jupyter, и я также пробовал испол…
29 май '20 в 12:51
1
ответ
Установите SimpleElastix в Windows для Python
Кажется, некоторые люди сообщили об этом на GitHub, но я все еще не мог найти четкого решения для этого - на последнем этапе установки модуля python в Windows нет такой папки с именем "/Wrapping/Python/Packaging" под "SimpleITK-build", и в нем нет ф…
20 мар '20 в 02:59
1
ответ
Простая проблема ITK при сохранении поля деформации: поле деформации пусто
Мне нужна помощь с simpleITK, я работаю с файлами NII, чтобы вычислить поле деформации. Я использую Python и simpleITK (simpleitk 1.2.0rc2.dev1167+gd4cf2). Я могу легко зарегистрировать свои изображения или объемы, но не могу получить поле деформаци…
25 мар '20 в 20:56
1
ответ
Простая установка ITK Elastix в Windows 10 из исходников с CMake для запуска в Python
Мне нужно попробовать установить SimpleITK Elastix в Windows 10. У меня есть набор инструментов (Windows 10, Anaconda3, python 3.7, MSVS 2019, Cmake 3.7, git) и исходный код (SimpleITK v1.2, SimpleElastix KIT). Он делает все шаги нормально, но после…
05 май '20 в 16:59
0
ответов
Точка преобразования после простой аффинной регистрации Elastix
Я новичок в Simple Elastix и использовал его для аффинной регистрации. Теперь мне нужно передать единичные баллы. У меня есть 12 параметров преобразования (a11,a12,a13,a21,a22,a23,a31,a32,a33,ax,ay,az), и я использую их для создания матрицы преобраз…
10 апр '20 в 16:58
1
ответ
Ручная регистрация с SimpleElastix
Я использую SimpleElastix (https://simpleelastix.github.io/) для регистрации (Affine) двух 2D-изображений (см. Приложение) . Для этого я использую этот код: import SimpleITK as sitk elastixImageFilter = sitk.ElastixImageFilter() elastixImageFilter.S…
02 ноя '20 в 13:50
0
ответов
Регистрация Elastix 3D останавливает python без каких-либо ошибок
Я хочу зарегистрировать 2 набора 3D-данных, которые считываются в массивы numpy, а затем передаются функции registrate (). Когда я выполняю код, он выводит следующий журнал: Установка всех компонентов. Установка компонентов прошла успешно. Версия EL…
22 июл '21 в 13:10
0
ответов
Ошибки Elastix при использовании OpenCLFixedGenericImagePyramid
Наконец-то я смог скомпилировать Elastix с функциями OpenCL после компиляции правильных ITK (5.1.1) и OpenCL. Но когда я запускаю Elastix с моими изображениями и масками с включенными функциями OpenCL в файле конфигурации, происходит сбой со следующ…
18 янв '21 в 13:44
2
ответа
Как получить аффинное преобразование от регистрации ITK?
Имея 3D МРТ-сканы , , и я хочу выполнить аффинную (со)регистрацию Bна A, возьмем аффинную матрицу преобразования регистрации и применим ее к C. Моя проблема в том, что аффинная матрица регистрационного преобразования имеет неправильные знаки. Может …
11 мар '22 в 16:44
0
ответов
Жесткая регистрация SimpleElastix 3D не может найти такое же изображение
Я некоторое время пытался получить базовую регистрацию, работающую с SimpleElastix, но я не могу заставить ее работать вообще, независимо от используемых настроек. Обратите внимание, что я пытаюсь сравнить SimpleElastix с другими методами, поэтому и…
22 май '22 в 13:40
0
ответов
Создайте нежесткую матрицу преобразования из двух совпадающих облаков точек
У меня есть два 2D-облака точек, оба сопоставляются друг с другом. Это означает, что я уже знаю, что точка X в исходном облаке точек представлена точкой Y в целевом облаке точек. Моя цель — создать матрицу преобразования, с помощью которой я смогу…
31 июл '22 в 08:20