Регистрация Elastix 3D останавливает python без каких-либо ошибок
Я хочу зарегистрировать 2 набора 3D-данных, которые считываются в массивы numpy, а затем передаются функции registrate (). Когда я выполняю код, он выводит следующий журнал:
Установка всех компонентов. Установка компонентов прошла успешно.
Версия ELASTIX: 5.0.1 Параметры командной строки из ElastixBase:
-fMask не указана, поэтому фиксированная маска не используется
-mMask unspecified, поэтому движущаяся маска не используется
-out D: \ ... \ test /
-priority unspecified, поэтому НОРМАЛЬНЫЙ приоритет процесса
- потоки не указаны, поэтому используются все доступные потоки Параметры
командной строки из TransformBase:
-t0 не указаны, поэтому начальное преобразование не используется
Чтение изображений ...
Чтение изображений заняло 1 мс.
После этого он просто останавливается и возвращается в обычную командную строку. Он не доходит до «шага 2».
Есть ли способ вернуться к тому, что пошло не так и почему?
def registrate(vol1, vol2, log_out_path):
"""
Parameters
----------
vol1: np.array, fixed image
vol2: np.array, moving image
log_out_path: str, path to the directory for the logfile
Returns
-------
None
"""
fixed_img = itk.GetImageFromArray(vol1)
moving_img = itk.GetImageFromArray(vol2)
print(type(moving_img))
parameter_object_ = itk.ParameterObject.New()
default_euler_ = parameter_object_.GetDefaultParameterMap("rigid", 3)
parameter_object_.AddParameterMap(default_euler_)
set_elastix_parameters(parameter_object_, 0, "euler")
print("step1")
result_image_, result_transform_parameters_ = itk.elastix_registration_method(fixed_img, # fixed
moving_img, # moving
parameter_object=parameter_object_,
log_to_console=True,
output_directory=log_out_path,
log_file_name=r"log.txt",
log_to_file=True,
)
print("step2")
deformed_image_ = apply_transformix([result_transform_parameters_], moving_img)
print("Step3")
save_volume(itk.GetArrayFromImage(deformed_image_), r"D:\...\deformed",
"de", True)
save_volume(itk.GetArrayFromImage(result_image_),
r"D:\...\result_transformed", "re", True)
if __name__ == "__main__":
moving_img = read_in_volume(r"D:\...\sample1")
print("moving image read in correctly")
fixed_img = read_in_volume(r"D:\...\sample2")
print("fixed image read in correctly")
registrate(fixed_img, moving_img, r"D:\...\test")
Используются следующие параметры:
def set_elastix_parameters(parameters, i, transform):
# Image types
parameters.SetParameter(i, "UseDirectionCosines", "true")
# Main components
parameters.SetParameter(i, "Registration", "MultiResolutionRegistration")
# parameters.SetParameter(i, "Interpolator", "BSplineInterpolatorFloat") not avalaible for python
parameters.SetParameter(i, "Interpolator", "LinearInterpolator")
parameters.SetParameter(i, "ResampleInterpolator", "FinalBSplineInterpolator")
parameters.SetParameter(i, "Resampler", "DefaultResampler")
parameters.SetParameter(i, "FixedImageBSplineInterpolationOrder", "1")
parameters.SetParameter(i, "BSplineInterpolationOrder", "1")
parameters.SetParameter(i, "FixedImagePyramid", "FixedSmoothingImagePyramid")
parameters.SetParameter(i, "MovingImagePyramid", "MovingSmoothingImagePyramid")
parameters.SetParameter(i, "Optimizer", "AdaptiveStochasticGradientDescent")
parameters.SetParameter(i, "Metric", "AdvancedMattesMutualInformation")
parameters.SetParameter(i, "FixedInternalImagePixelType", "float")
parameters.SetParameter(i, "MovingInternalImagePixelType", "float")
# Transformation
if transform == "euler":
parameters.SetParameter(i, "Transform", "EulerTransform")
parameters.SetParameter(i, "AutomaticTransformInitialization", "true")
else:
parameters.SetParameter(i, "Transform", "BSplineTransform")
parameters.SetParameter(i, "BSplineTransformSplineOrder", "3")
parameters.SetParameter(i, "FinalGridSpacingInPhysicalUnits", "12")
parameters.SetParameter(i, "GridSpacingSchedule", ["16", "8", "4", "2", "1"])
parameters.SetParameter(i, "HowToCombineTransforms", "Compose")
parameters.SetParameter(i, "UseCyclicTransform", "false")
# Similarity measure
parameters.SetParameter(i, "NumberOfHistogramBins", "64")
parameters.SetParameter(i, "NumberOfFixedHistogramBins", "64")
parameters.SetParameter(i, "NumberOfMovingHistogramBins", "64")
parameters.SetParameter(i, "ShowExactMetricValue", "false")
parameters.SetParameter(i, "CheckNumberOfSamples", "true")
# Multiresolution
parameters.SetParameter(i, "NumberOfResolutions", "5")
parameters.SetParameter(i, "ImagePyramidSchedule",
["16", "16", "8", "8", "8", "4", "4", "4", "2", "2", "2", "2", "1", "1", "1"])
# Optimizer
parameters.SetParameter(i, "MaximumNumberOfIterations", "2000")
parameters.SetParameter(i, "FixedLimitRangeRatio", "0.01")
parameters.SetParameter(i, "MovingLimitRangeRatio", "0.01")
parameters.SetParameter(i, "FixedKernelBSplineOrder", "0")
parameters.SetParameter(i, "MovingKernelBSplineOrder", "3")
parameters.SetParameter(i, "UseFastAndLowMemoryVersion", "true")
parameters.SetParameter(i, "UseJacobianPreconditioning", "false")
parameters.SetParameter(i, "FiniteDifferenceDerivative", "false")
parameters.SetParameter(i, "SP_A", "20")
parameters.SetParameter(i, "MaximumNumberOfSamplingAttempts", "0")
parameters.SetParameter(i, "SigmoidInitialTime", "0")
parameters.SetParameter(i, "MaxBandCovSize", "192")
parameters.SetParameter(i, "NumberOfBandStructureSamples", "10")
parameters.SetParameter(i, "UseAdaptiveStepSizes", "true")
parameters.SetParameter(i, "AutomaticParameterEstimation", "true")
parameters.SetParameter(i, "MaximumStepLength", "0.976562")
parameters.SetParameter(i, "NumberOfGradientMeasurements", "0")
parameters.SetParameter(i, "NumberOfJacobianMeasurements", "1000")
parameters.SetParameter(i, "NumberOfSamplesForExactGradient", "100000")
parameters.SetParameter(i, "SigmoidScaleFactor", "0.1")
parameters.SetParameter(i, "ASGDParameterEstimationMethod", "Original")
# Image sampling
parameters.SetParameter(i, "UseRandomSampleRegion", "false")
parameters.SetParameter(i, "NumberOfSpatialSamples", "4096")
parameters.SetParameter(i, "NewSamplesEveryIteration", "true")
parameters.SetParameter(i, "ImageSampler", "RandomCoordinate")
# Interpolation and Resampling
parameters.SetParameter(i, "FinalBSplineInterpolationOrder", "3")
parameters.SetParameter(i, "DefaultPixelValue", "-1000")
parameters.SetParameter(i, "WriteResultImage", "true")
parameters.SetParameter(i, "WriteDVFFromCoeff", "true")
parameters.SetParameter(i, "ResultImageFormat", "mhd")