Какой плагин использовать для расчета коэффициента кластеризации ребер в Cytoscape
Я работаю над PPIN, где мне нужно найти значения коэффициента краевого кластера (ecc) для уникальных белков, присутствующих в кластере. Я использую Cytoscape для генерации значения, например, между центральностью, центральностью близости и т. Д. Но не могу рассчитать ECC. Пожалуйста, помогите мне с плагином, который будет установлен для моего желаемого расчета.
1 ответ
Если вы не получаете то, что хотите, от встроенной функции Tools > Network Analyzer, то я бы порекомендовал попробовать приложение Centiscape: http://apps.cytoscape.org/apps/centiscape
Могут быть и другие интересные приложения, помеченные для "анализа графика": http://apps.cytoscape.org/apps/with_tag/graphanalysis