Экспорт таблицы ребер Cytoscape
Я очень новичок в Cytoscape и мне кажется, что проблему легко решить. Я использую функцию перетаскивания в Cytoscape для создания сетей (в основном я транслирую фотографии сетей следов насекомых в представления Cytoscape - это значительно упрощает построение сетей). Проблема в том, что мне нужно экспортировать таблицу ребер из Cytoscape в R для дальнейшего анализа. Cytoscape экспортирует CSV-файл с столбцом, который выглядит следующим образом:
"Узел 5 (ненаправленный) Узел 2" <- все в одном столбце
Мне нужен либо файл.csv, который содержит либо матрицу смежности, либо список ребер (где ребра представлены в виде пар узлов, каждый из которых находится в своем собственном столбце). Есть простой способ сделать это? Заранее спасибо!
1 ответ
Есть несколько решений:
Http://apps.cytoscape.org/apps/adjexporter позволяет экспортировать сеть в виде матрицы соответствия.
Вы можете напрямую подключиться к Cytoscape из R с помощью интерфейса CyREST: http://apps.cytoscape.org/apps/cyrest
Вы можете заменить все (неориентированные) термины на вкладку
Надеюсь, это поможет, Пит