Описание тега cox
1
ответ
Извлечь результаты теста ранг (балл) с p-значением для модели Кокша
У меня есть 100 копий модели Coxph, встроенной в петлю. Я пытаюсь извлечь результаты теста оценки лог-ранга с p-значениями для каждой реплики во фрейме данных или списке. Я использую следующее. Но это дает мне только оценку рейтинга журнала, а не р-…
04 дек '16 в 17:26
0
ответов
Как проверить предположение PH с остатками Шенфельда с моделируемыми путями в присутствии конкурирующих событий
Я получил остатки Шенфельда для тестирования PH для регрессионной модели Fine & Grey Cox's в присутствии конкурирующих событий с cmprsk. Вот код: fg<-crr( fu_m, event, diabetes, failcode=1, cencode=0, na.action=na.omit, gtol=1e-06, maxiter=10, va…
18 май '18 в 17:24
0
ответов
Xgboost Cox запись времени выживания
В новой реализации модели выживания cox ph в xgboost 0.81, как можно указать время начала и окончания события? Спасибо
30 ноя '18 в 18:15
0
ответов
Интерпретация cox.zph из сплайна
Я пытаюсь следовать шагам, описанным в статье, подобной статье Кила " Сложно пропорционально: проверка непропорциональных рисков в моделях Кокса ". Он рекомендует сначала определить, относится ли нелинейный сплайн к непропорциональности, а затем на …
13 авг '18 в 00:16
0
ответов
Модель пропорционального риска Кокса - Сравнение коэффициентов из наборов данных
Я делаю исследование кредитного риска в Европе за период 2006 - 2016 гг., Используя модель пропорционального риска Кокса (издание с временными затратами) в R (coxph). Я успешно реализовал модель за весь период с 8 независимыми переменными. Теперь я …
23 июн '17 в 14:12
1
ответ
Как рассчитать коэффициент опасности с выходом coxph
Я успешно получил сводный вывод от 'coxph'. Однако теперь мне любопытно, как получить коэффициент опасности из этих чисел? Могу ли я вычислить то, что у меня есть, или есть определенный код в R, который выдаст то, что я хочу? Выходное изображение
23 май '18 в 03:47
0
ответов
Анализ выживания в различные моменты времени
Я провожу анализ выживания на очень большом наборе данных и пытаюсь изучить влияние конкретной переменной на выживаемость в различные моменты времени (30 дней, 90 дней, 180 дней, 365 дней). Я хочу запустить одномерную регрессию Кокса, и я не уверен,…
20 мар '18 в 22:24
0
ответов
Как использовать функцию gnastSurvProb() в пакете "pec" для прогнозирования вероятностей выживания для набора данных с ковариатами, зависящими от времени?
У меня есть набор данных, как показано ниже: Patient_ID Time_Start Time_End X1 X2 X3 Status 001 0 1 0 001 1 2 0 001 2 3 0 001 3 4 0 002 0 1 0 002 1 2 0 002 2 3 0 002 3 4 1 В котором X3 является переменной времени. Я построил модель регрессии Кокса, …
09 мар '18 в 21:02
0
ответов
Регрессия Кокса с взвешиванием с обращенной склонностью
Обычная регрессия Кокса выглядит следующим образом: coxph(formula = Surv(time, status) ~ v1 + v2 + v3, data = x) Я вычислил значения взвешивания при обращении с обратной склонностью (IPTW) с последующими оценками склонности. Оценки склонности можно …
29 май '18 в 18:39
0
ответов
Опасная функция Кокса П. Х. в Python
У меня есть следующие данные: gasdfhourly[['Unit','Hourcount','Target']].head() Out[377]: Unit Hourcount Target Date hour 2014-01-01 0 748.816493 1 0.0 1 759.759946 2 0.0 2 756.737007 3 0.0 3 761.075262 4 0.0 4 765.142517 5 0.0 Я пытался вписаться в…
14 ноя '18 в 11:08
0
ответов
R - различная длина в переменной и остатки от модели
Я пытаюсь найти лучшее переменное преобразование, которое дает линейность в логарифмической опасности или логарифмически кумулятивной опасности модели пропорционального риска Кокса. Как эти данные исследований, я не могу опубликовать их здесь. Для э…
07 окт '18 в 23:01
0
ответов
R coxph ошибка в model.frame.default
Я столкнулся с ошибкой при работе над регрессионным анализом Кокса. Мой код: cox <- t(apply(gset[,info$gl>5],1,function(x) summary(coxph(Surv(time = info$os, event = info$event)~x, data = info[info$gl>5]))$coefficient)). gset - это информац…
28 ноя '17 в 06:53
0
ответов
Регрессия Кокса с отсутствующими событиями до и после наблюдения
Я моделирую необычное время для данных о событиях с периодом наблюдения 7 дней для всех субъектов, но данные о воздействии доступны за 28 дней до начала наблюдения. Это создает проблему с отсутствующими данными, потому что событие может уже происход…
31 окт '17 в 15:44
0
ответов
В том числе зависящие от времени ковариаты в регрессии Кокса в R
У меня есть набор данных, который выглядит как: Treatment Surface ex.time excision antib.time antibiotic inf.time infection 1 0 15 12 0 12 0 12 0 2 0 20 9 0 9 0 9 0 3 0 15 13 0 13 0 7 1 4 0 20 11 1 29 0 29 0 5 0 70 28 1 31 0 4 1 6 0 20 11 0 11 0 8 1…
08 июн '18 в 13:44
0
ответов
Большой Dataframe медленный с анализом выживаемости
Я пытаюсь провести анализ выживания на большом наборе данных (около 80 строк x 12 000 столбцов) в Python. В настоящее время я использую: from lifelines import CoxPHFitter cf = CoxPHFitter() cf.fit(df, duration_col='Time', event_col='Status') Но это …
09 мар '18 в 06:55
1
ответ
Какое значение по умолчанию для функции преобразования времени в команде coxph?
Краткое введение: Модель пропорциональных рисков Кокса (PH) может быть оценена с coxph функция survival пакет. Очевидное требование для получения разумных результатов от модели этого типа состоит в том, что опасности пропорциональны, то есть они пос…
28 июл '16 в 15:37
1
ответ
Перестановочные наблюдения в модели Кокса PH в R
У меня есть фрейм данных в формате, необходимом для coxph функция в пакете выживания. Статус субъекта может быть 0 (живой) или 1 (мертвый). Я хочу запустить перестановку на статусе субъектов и повторно провести анализ. В этом случае один человек, ко…
26 янв '18 в 18:38
1
ответ
Опасность Кокса в функции R
У меня проблема со ссылкой на переменную в R. Ищите мою простую функцию: CoxStep <- function(dataset,a,b){ m1 = coxph(Surv(b,a)~.-dataset[,b]-dataset[,a] ,data=dataset) summary(m1) } Я вызываю функцию следующим образом: CoxStep (данные, Alive1, F…
16 ноя '17 в 16:33
0
ответов
Выполнение регрессии Кокса с помощью эластичной сетки после выбора функции лассо
Я пытался выполнить регрессию эластичной сети + кокса в R с помощью пакета glmnet. Число выборок составляет около 400. Число независимых переменных (х) составляет около 450000. Мой PI сказал, что вы должны сделать выбор функции лассо, прежде чем вып…
28 янв '19 в 13:14
0
ответов
Ошибка для валидации модели Кокса с внешним набором данных с использованием rms val.surv, автор Frank Harrell
Я разработал модель Кокса для общей выживаемости рака с помощью rms-пакета. Я использую с 765 наблюдений (194 интерна, 571 экстерна). Итак, я разделил на два набора данных: обучение и проверка Я получаю правильную модель Кокса. Когда я пытаюсь прове…
13 фев '19 в 22:38