Описание тега bioservices
Пакет Python для программного доступа к биологическим веб-сервисам (например, KEGG, BioModels, UniProt).
0
ответов
Сталкивается с "HTTP ERROR 404 ", получая kgml python
Я пишу программу на python для извлечения пути из KEGG, но для некоторых идентификаторов пути, например: "hsa02020", я столкнулся с "HTTP ERROR 404", я пробовал и библиотеку "bioservices" и "запросы", но одно и то же проблема произошла Я также испол…
12 июн '18 в 06:04
1
ответ
Использование многопроцессорного модуля Python для загрузки моделей из базы данных BioModels
Я пытаюсь использовать многопроцессорный модуль Python для ускорения некоторых вычислений. Первым шагом является получение ряда моделей из базы данных BioModels. Для этого существует API, который называется BioServices, который можно загрузить с pip…
12 ноя '16 в 22:13
1
ответ
xmltodict: ExpatError: синтаксическая ошибка: строка 1, столбец 0, получение XML из QuickGO
Я нахожусь немного смущенным ошибкой, которую я получаю от следующих from future.standard_library import install_aliases install_aliases() from urllib.request import urlopen import xmltodict oboxml = urlopen('http://www.ebi.ac.uk/QuickGO/GTerm?id=GO…
25 янв '19 в 01:17
1
ответ
Как получить все идентификаторы ChEBI для данного соединения KEGG?
Допустим, я хочу сопоставить идентификатор KEGG с идентификатором ChEBI, используя bioservices, Я могу сделать: from bioservices import * kegg_con = KEGG() kegg_entry = kegg_con.parse(kegg_con.get('C00033')) print(kegg_entry['DBLINKS']['ChEBI'].spli…
01 сен '17 в 17:16
0
ответов
Ошибки SSL для всех команд pip
Я пытаюсь начать использовать Python 3.6 на Windows 10 Enterprise, но всякий раз, когда я пытаюсь использовать pip для установки необходимых пакетов, я всегда получаю похожую ошибку SSL. Запросы установки pip выдают следующую ошибку: Collecting requ…
06 авг '18 в 20:04
1
ответ
Как получить ключ InChI для соединения KEGG?
Я хотел бы получить представление InChI для данного соединения KEGG, но мне не удалось найти прямого решения для этого. Это можно сделать через ЧЕБИ так: from bioservices import * kegg_con = KEGG() kegg_entry = kegg_con.parse(kegg_con.get('C00047'))…
01 сен '17 в 08:51
1
ответ
Как перевести ИнЧИ и ИнЧИКей?
Я хотел бы получить идентификаторы из нескольких баз данных, используя InChI в качестве входа, например InChI=1S/C6H14N2O2/c7-4-2-1-3-5(8)6(9)10/h5H,1-4,7-8H2,(H,9,10)/t5-/m0/s1 Можно использовать Unichem из bioservices для этого, однако, все эти фу…
01 сен '17 в 09:20
2
ответа
Как проанализировать файл Uniprot Dat для получения GO в Python?
Я пробовал BioPython SeqIO и другие парсеры, но не смог найти хорошего инструмента для разбора файлов DAT. https://omics.pnl.gov/software/uniprot-dat-file-parser Я попробовал это, но они не предоставляют никаких аннотаций гена http://biopython.org/w…
31 июл '17 в 16:14
1
ответ
Как получить доступ к записи KEGG без указания организма с помощью биосервисов?
Я пытаюсь получить доступ к KEGG через биосервисы, чтобы получить определенную информацию о списке генов. Проблема в том, что я не знаю заранее, какому организму принадлежат отдельные гены; В моем списке может быть много генов, которые все принадлеж…
27 май '16 в 12:53
1
ответ
Данные PTM от биосервисов uniprot
Я хочу получить данные посттрансляционных изменений (PTM) из uniprot через биосервисы, я использую следующие сценарии: >>>from bioservices import uniprot >>>u = uniprot.UniProt() >>>ptm = u.search("P38903",frmt ="xls", inc…
13 ноя '15 в 09:40
2
ответа
Как решить "ECitMatch() получил несколько значений для аргумента 'bdata'"?
Я новичок в использовании bioservicesПакет Python. Теперь я собираюсь использовать это, чтобы получить PMID для двух цитат, учитывая указанную информацию, и это код, который я пробовал: from bioservices import EUtils s = EUtils() print(s.ECitMatch("…
05 май '20 в 21:40
1
ответ
Как скачать цветные карты KEGG PATHWAY на Python
У меня есть список ферментов (номера EC, «df» из кода), которые я хочу выделить на картах KEGG PATHWAY. Я хотел бы сделать скрипт на Python, который автоматически сохраняет выделенные карты. До сих пор я мог создавать только URL-адреса, с которых я …
02 июн '21 в 17:26
0
ответов
Комплект разработчика программного обеспечения Dell EMC OpenManage Python для конфигурации IDRAC
Я пытаюсь использовать метод idrac.config_mgr и уже импортировал модуль OMSDK в python. но idrac.config не распознается omsdk. Есть идеи?
26 июл '21 в 13:28
0
ответов
Какую новую строку мне нужно добавить?
Это задание предполагает использование видеосервисов BIOS int 10H, которые при этом исследуют способы использования цвета и позиционирования. реализовать каждую из этих служб с помощью письменного кода. Код для реализации сервисов: установка режима …
25 сен '21 в 09:43
1
ответ
Как я могу превратить этот список строк в фрейм данных в пандах
Итак, по сути, я извлек большой список значений из онлайн-базы данных с помощью пакета биосервисов. Что я хочу сделать, если превратить этот список строк в фреймворк данных, используя панды, которые я затем могу отформатировать. это мой извлеченный …
08 дек '21 в 05:49
1
ответ
Я хочу поместить вывод этой функции print(d) в фреймворк pandas
Я работаю с пакетом биосервисов на python, и я хочу получить результат этой функции и поместить его в фрейм данных с помощью pandas from bioservices import UniProt u = UniProt(verbose=False) d = u.search("yourlist:M20211203F248CABF64506F29A91F8037F0…
08 дек '21 в 16:05
0
ответов
Как я могу взять этот фрейм данных pandas, который у меня есть в python, и перенести его в таблицу Postgres
Я извлек эти данные из онлайн-базы данных с помощью биосервисов на Python и сохранил их как переменную "d". from bioservices import UniProt u = UniProt(verbose=False) d = u.search("family:kinase+and+reviewed:yes+and+taxonomy:9606", frmt="tab", limit…
14 дек '21 в 04:23
0
ответов
Chem.RDKFingerprint не соответствует сигнатуре C++ для некоторых SMILES, но подходит для других
Я работаю над использованием лигандов, на которые ссылается UniProt, с тем же лигандом в записях PDB. Для многих лигандов (например, FAD) трехбуквенный код одинаков в записях UniProt и PDB, но для некоторых есть небольшая разница. Например, для цепи…
24 янв '23 в 13:26