Как я могу взять этот фрейм данных pandas, который у меня есть в python, и перенести его в таблицу Postgres
Я извлек эти данные из онлайн-базы данных с помощью биосервисов на Python и сохранил их как переменную "d".
from bioservices import UniProt
u = UniProt(verbose=False)
d = u.search("family:kinase+and+reviewed:yes+and+taxonomy:9606", frmt="tab", limit=650,
columns="id,protein names,lineage(CLASS),organism,lineage(SPECIES GROUP),lineage(FAMILY),lineage(SUBFAMILY),go(molecular function),go(biological process),go(cellular component),sequence")
Затем я превратил эти данные в аккуратный маленький фреймворк с помощью pandas
import io
import pandas as pd
data = d
io_data = io.StringIO(data)
df = pd.read_csv(io_data, sep='\t')
print(df)
Это результат, который я получаю в Python
Последнее, что я пытаюсь сделать, это написать код на Python, который берет этот фрейм данных и помещает его в таблицу, которая у меня уже есть в базе данных Postgresql. Мне нужно использовать неявную вставку для передачи этих данных в мою уже существующую таблицу в postgres, поскольку имена столбцов не совпадают
СЦЕНАРИЙ ЗАПРОСА:
CREATE TABLE "PROTEINS" (
"uniprot_id (PK)" character varying(25),
"protein_name" character varying(500),
"hgnc_symbol" character varying(25),
"symbol_synonyms" character varying(100),
"entrez_gene_id" integer,
"target_chembl_id" character varying(20),
"protein_class" character varying(100),
"protein_target_type" character varying(30),
"protein_organism" character varying(150),
"protein_group" character varying(150),
"protein_family" character varying(150),
"protein_subfamily" character varying(150),
"go_molecular_function" text,
"go_biological_process" text,
"go_cellular_component" text,
"pathway_id" text,
"protein_sequence" text,
"kinase_domain_position_start" integer,
"kinase_domain_position_end" integer,
"atp_binding_pocket_position_start" integer,
"atp_binding_pocket_position_end" integer
);
столбцы в моем фрейме данных pandas, которые я хочу соответствовать столбцам в моей таблице postgresql:
Столбец "id" в кадре данных pandas переходит в "uniprot_id (PK)" в postgres
"имена белков" переходит в "имя_протеина"
"происхождение (КЛАСС)" переходит в "класс_протеина"
"организм" переходит в "белок_организм"
"происхождение (ГРУППА ВИДОВ)" переходит в "группу_протеинов"
"происхождение (СЕМЬЯ)" переходит в "протеин_семейство"
"происхождение (ПОДСЕМЕЙСТВО)" переходит в "белковое_подсемейство"
"go (молекулярная функция)" переходит в "go_molecular_function"
"go (биологический процесс)" переходит в "go_biological_process"
"go (сотовый компонент)" переходит в "go_cellular_component"
«последовательность» переходит в «протеин_последовательность:
Вид длинного вопроса, извините, но я был бы очень признателен за помощь. Спасибо