Как скачать цветные карты KEGG PATHWAY на Python

Question

У меня есть список ферментов (номера EC, «df» из кода), которые я хочу выделить на картах KEGG PATHWAY. Я хотел бы сделать скрипт на Python, который автоматически сохраняет выделенные карты. До сих пор я мог создавать только URL-адреса, с которых я загружал их вручную:

      from bioservices import KEGG
import webbrowser
s = KEGG()

def mapping(df,map_list):

for map in map_list:
    names=""
    to_parse=s.get("ec"+map)
    parsed=s.parse(to_parse)

    for ECs in df["EC_numbers"]:
        if str(ECs) in parsed["ENZYME"]:
            names=names+"+EC:"+str(ECs)
    url="https://www.genome.jp/pathway/map"+map+names
    s.logging.info(url)
    webbrowser.open(url)

map_list_example=["00520","00010","00020"]

Любые идеи?

Answer 1

Вы можете использовать функцию save_pathwayдля этой цели.

      from bioservices import KEGG

s = KEGG()

target_map = 'ko00340'
target_kos = ['K00765', 'K01814']
s.save_pathway(target_map, 'test.png', keggid=target_kos)

Это произведет