Взрыв Две последовательности из сценария Python

Question

Взрыв Две последовательности из сценария Python

У меня есть список пар белков, и я хочу сравнить скорость и точность "BLAST Two Sequence" с программой Смита-Уотермана для выравнивания. Я знаю, что на веб-сайте NCBI есть опция "Blast Two Sequence", но я бы хотел запустить ее из скрипта Python. Возможно, у Biopython есть такая возможность? Если я не смогу использовать Blast Two Sequence, я буду сравнивать разные версии Smith-Waterman, но это будет не так увлекательно:) ИЛИ, если у кого-то есть другая идея для отличного старшего учебного года по биоинформатике, включающего сравнение пар белков, пожалуйста, не стесняйтесь, дайте мне знать, спасибо заранее.

1

alignment bioinformatics biopython

Источник

user1334237 15 апр '12 в 07:48

1 ответ

Другие вопросы по тегам alignment bioinformatics biopython

user815632 15 апр '12 в 23:14 2012-04-15 23:14 · Answer 1 · 2012-04-15 23:14

В главе 7 (BLAST) Учебника и Поваренной книги по Biopython должно быть то, что вы ищете.

NCBBI модуль позволяет взаимодействовать с онлайн-инструментами BLAST, Bio.Blast.Applications имеет ряд различных локальных утилит выравнивания, и Bio.Seq Модуль содержит объекты для взаимодействия с различными последовательностями.

Документация по Biopython довольно хорошая, а API в целом написан хорошо. Если вы ищете интересный проект, я предлагаю вам прочитать Учебное пособие и Поваренную книгу - это хороший обзор того, что может предложить Biopython.