Операция Biopython+File IO - TypeError: ожидается объект буфера символа

Question

Я попытался прочитать файл FASTA с помощью Biopython и снова записать его в другой файл, прежде чем приступить к фактической обработке последовательности.

w.write('Length of the Ref Seq: '+ ref_seq + ' is '+ str(len(ref_seq))+'\n')

TypeError: ожидал символьный буферный объект

Я получил ошибку, упомянутую выше. Может кто-нибудь, пожалуйста, помогите мне понять ошибку?

Спасибо.

Answer 1

Следующий код решает проблему

from Bio import SeqIO
in_file = open("input.fasta")
records = SeqIO.parse(in_file, format="fasta")
out_file = open("output.txt", "w")
for mySeq in records:
  out_file.write('Length of the Ref Seq: '+ str(mySeq.seq) + 
                 ' is '+ str(len(mySeq.seq))+'\n')

out_file.close()

input.fasta:

> 165613

TAACTGCAGTGTTTTGTGTCGAGC

> 165875

GGGATCTTCGGACCTCGT

вы получаете следующий вывод

Длина ссылки: TAACTGCAGTGTTTTGTGTCGAGC составляет 24

Длина Ref Seq: GGGATCTTCGGACCTCGT составляет 18