Как считать последовательности в файле fasta с помощью Bioperl

Question

Добрый вечер, у меня есть код bioperl для подсчета количества последовательностей в файле fasta, но я пытаюсь изменить код для подсчета последовательностей короче 20 и длиннее от 120 в любом данном файле fasta. Код ниже

use strict;

use Bio::SeqIO;

my $seqfile = 'sequences.fa';

my $in = Bio::SeqIO->new
        (
                -format => 'fasta',
                -file => $seqfile
        ) ;

my $count = 0;

while (my $seq = $in->next_seq)
{
        $count++;
}

print "There are $count sequences\n";

Answer 1

Вы можете использовать функцию длины объекта sequence для создания оператора if внутри вашего цикла while.

my $len = $seq->length();
if($len < 20 || $len > 120){
    $count++;
}