Есть ли в Bioperl эквивалент IO::ScalarArray для массива объектов Seq?

Question

В Perl у нас есть IO::ScalarArray для обработки элементов массива, как строки файла. В BioPerl мы имеем Bio::SeqIO, который может производить файловый дескриптор, который читает и пишет Bio::Seq объекты вместо строк, представляющих строки текста. Я хотел бы сделать комбинацию из двух: я хотел бы получить дескриптор, который читает последовательно Bio::Seq объекты из массива таких объектов. Есть какой-либо способ сделать это? Было бы тривиально для меня реализовать модуль, который делает это?

Моя причина этого заключается в том, что я хотел бы написать подпрограмму, которая принимает либо Bio::SeqIO ручка или массив Bio::Seq объекты, и я хотел бы избежать написания отдельных циклов в зависимости от того, какой ввод я получаю. Возможно, следующее будет лучше, чем написать мой собственный модуль ввода-вывода?

sub process_sequences {
    my $input = $_[0];

    # read either from array of Bio::Seq or from Bio::SeqIO
    my $nextseq;
    if (ref $input eq 'ARRAY') {
        my $pos = 0
        $nextseq = sub { return $input->[$pos++] if $pos < @$input}; }
    }
    else {
        $nextseq = sub { $input->getline(); }
    }

    while (my $seq = $nextseq->()) {
        do_cool_stuff_with($seq)
    }
}

Answer 1

Ваше решение выглядит так, как будто оно должно работать. Если вы действительно не хотите тратить много времени на решение этой проблемы, занимайтесь ею, пока она вам больше не понравится. Я мог бы написать это так, чтобы не вводить имя переменной несколько раз:

my $nextseq = do {
     if (ref $input eq ref [] ) {
         my $pos = 0;  #maybe a state variable if you have Perl 5.10
         sub { return $input->[$pos++] if $pos < @$input} }
         }
     else {
         sub { $input->getline() }
     }
 }

Если вы заинтересованы в итераторах, посмотрите на Perl высшего порядка Марка Джейсона Доминуса, где он рассказывает о всевозможных способах выполнения подобных вещей.