Bioperl и Samtools

Question

Bioperl и Samtools

Как я могу запустить 'mpileup', используя Bioperl?

При попытке запустить mpileup с помощью Bio:: Tools:: Run:: Samtools я получаю 'mpileup' не зарегистрировано. Что я делаю неправильно? Любые указатели в правильном направлении приветствуются... спасибо, ребята.....

0

perl bioperl

Источник

user960162 01 апр '13 в 07:41

1 ответ

Решение

Другие вопросы по тегам perl bioperl

user1543853 01 апр '13 в 14:18 2013-04-01 14:18 · Accepted Answer · 2013-04-01 14:18

Короткий ответ: вы не можете бежать mpileup используя BioPerl-Run, потому что, как описано в вашем сообщении об ошибке, эта команда не отображается в списке как доступная для samtools. Возможно, вы захотите поднять эту проблему в bioperl-listserv, и, надеюсь, кто-то добавит эту функцию.