Функция внутри tryCatch по-прежнему останавливает процесс

Я пробую новую библиотеку, и я обнаружил странное поведение. У меня есть метод объекта производного класса типа envRefClass, который останавливает мой процесс даже внутри функции tryCatch с обработчиком ошибок.

library(STRINGdb)
# Creating the object
string_db <- STRINGdb$new(version = "10", species = 9606,
                       score_threshold = 0, input_directory = "" )
# Converting ids 
string_id <- string_db$map(data.frame(gene = moduleGenes), "gene",
                           takeFirst = FALSE) 
# Ploting with plot_ppi
tryCatch({
  tryCatch({string_db$plot_ppi_enrichment(string_id$STRING_id,
                                          title = paste("Interaction enrichment of", moduleName))},
           error = function(e) {
             message("Couldn't map the enrichment of STRING")
             # sessionInfo()
             # message(e)
           })
}, error = function(e) {
  message("Another error")
  # message(e)
  }
)
'select()' returned 1:1 mapping between keys and columns
Warning:  we couldn't map to STRING 3% of your identifiersERROR: We do not support lists with more than 400 genes.
Please reduce the size of your input and rerun the analysis.    Error in get_png(string_ids, payload_id = payload_id, required_score = required_score) 

где string_id$STRING_id - список идентификаторов из 358 элементов. Какой бы ни была ошибка внутри plot_ppi_enrichment (о которой я уже просил), я не ожидал остановить процесс. Я правильно использую tryCatch?

Я уже читал этот вопрос о том, как использовать tryCatch, но для меня это выглядит нормально.

0 ответов

Другие вопросы по тегам