R-devel: "объект 'checkCompilerOptions' не найден" при установке magrittr

Question

Я установил R-devel в Ubuntu, следуя этому руководству. При попытке установить magrittr с install.packages("magrittr") Я получаю это:

* installing *source* package ‘magrittr’ ...
** package ‘magrittr’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) : 
  object 'checkCompilerOptions' not found
Calls: ::: -> get
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/magrittr’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpagwvBj/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("magrittr") :
  installation of package ‘magrittr’ had non-zero exit status

Еще один вопрос, связанный с этой ошибкой, не помог мне. Кто-нибудь может помочь?

Что я действительно пытаюсь сделать, так это установить последнюю версию пакета Gviz для разработчиков. Для этого я должен использовать версию для разработки bioconductor и R. Внизу в дереве зависимостей для Гвиза появляется магриттр.

Мой sessionInfo():

R Under development (unstable) (2016-02-18 r70185)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 15.10

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=nb_NO.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=nb_NO.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=nb_NO.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=nb_NO.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices datasets  utils     methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.3.0 tcltk_3.3.0

Answer 1

Я смог установить Gviz! Вот что привело меня туда:

1. Я пытался с помощью devtools::install_github("Bioconductor-mirror/Gviz") установить Gviz вместо того, чтобы делать это с biocLite("Gviz"), Это заставило меня checkCompilerOptions ошибка, но теперь с пакетом matrixStats.
2. Я установил matrixStats с помощью devtools::install_github("HenrikBengtsson/matrixStats"), Это сработало.
3. В этот момент я попытался установить magrittr снова, используя install.packages("magrittr"), Это сработало как-то!
4. Теперь я могу установить Gviz с devtools::install_github("Bioconductor-mirror/Gviz")

Я до сих пор понятия не имею о checkCompilerOptions ошибка, и буду признателен за любые идеи.

Answer 2

У меня была такая же проблема при установке raster пакет. Здесь я обнаружил, что проблема заключалась в конфликте между каталогами библиотек, экспортируемыми вторым сценарием руководства, о котором вы упоминаете:

#!/bin/bash
export R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/lib/R-devel/lib/R/library:/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library::/usr/lib/R/library'}
export PATH="/usr/local/lib/R-devel/bin:$PATH"
R "$@"

Поэтому я удалил папки библиотеки, не связанные с моим экземпляром R-devel:

#!/bin/bash
export R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/lib/R-devel/lib/R/library:/usr/local/lib/R/site-library'}
export PATH="/usr/local/lib/R-devel/bin:$PATH"
R "$@"

И это наконец-то сработало.