Проблемы запуска разработанных конвейеров NGS для кода Python
Я пытаюсь проанализировать некоторые результаты секвенирования следующего поколения, и у меня возникла проблема с запуском спроектированных конвейеров. Я скачал и распаковал файл python_scripts.tar.gz, содержащий команды python, однако, когда я запускаю первую команду, я получаю ошибки и не уверен, как их исправить. Команда записывается так: python fastq_strip_barcode_relabel.py reads.fastq primer_sequence barcode.fasta Ex>reads2.fastq
И мой код Python выглядит так
C:\Users\shelb\Felicia\barcode.fasta AB> C:\Users\shelb\Felicia\Reads2.fastq
Traceback (most recent call last):
File "fastq_strip_barcode_relabel.py", line 65, in <module>
fastq.ReadRecs(FileName, OnRec)
File "C:\Python27\fastq.py", line 140, in ReadRecs
ReadSeqs(FileName, OnRec)
File "C:\Python27\fastq.py", line 127, in ReadSeqs
assert Line[0] == '@'
AssertionError
Может кто-нибудь посоветовать мне, пожалуйста, что я могу делать неправильно и почему я не могу выполнить эту команду?
Спасибо!