Описание тега scanpy
Scanpy - это масштабируемый набор инструментов для анализа данных экспрессии генов отдельных клеток. Он включает в себя предварительную обработку, визуализацию, кластеризацию, псевдовремя и вывод траектории, тестирование дифференциальной экспрессии и моделирование сетей регуляции генов.
1
ответ
Невозможно перебрать кадр данных pandas, загруженный из табличных данных
Я могу загрузить свои табличные данные в DataFrame, используя scanpy, но мне не хватает, как перебирать их, чтобы получить доступ к выбранным строкам / столбцам. Это данные геномики одной клетки, где каждая строка представляет собой ген, а каждый ст…
18 янв '18 в 16:58
2
ответа
Невозможно установить scanpy с помощью
Привет, у меня возникли проблемы с установкой библиотеки scanpy с помощью pip. Вот команда, которую я выполнил pip install scanpy Во время установки он сообщает следующее сообщение об ошибке: Collecting scanpy Downloading https://files.pythonhosted.…
28 янв '20 в 04:21
1
ответ
ModuleNotFoundError при запуске paga с помощью scanpy
Я пробовал запустить код ниже, используя библиотеку scanpy, но по какой-то причине он сообщает об ошибке ModuleNotFoundError: No module named 'igraph' import numpy as np import scanpy as sc import anndata adata = anndata.AnnData(np.random.rand(300,3…
24 янв '20 в 19:31
1
ответ
Почему возникает ошибка при импорте scanpy._compat?
Привет, я здесь новенький, извините за мой язык, который может быть неточным. Я работаю со средой conda, в которой я установил scanpy. Однако, когда я импортирую модуль scanpy._compat, он возвращает ошибку импорта: from scanpy._compat import Literal…
07 мар '20 в 18:03
0
ответов
Python3 __requires__ не работает странным образом
Догма Python заключается в том, что virtualenv должен использоваться для разделения разных версий одних и тех же пакетов. В большинстве других контекстов программирования это не проблема. Например, в linux всевозможные версии динамических библиотек …
11 июн '20 в 22:49
0
ответов
Как добавить категорию наблюдения к скудным на основе другого наблюдения?
У меня есть объединенная одноклеточная RNAseq anndata с obs: "Возраст", "Подтип EPN", "Регион", "Подкласс", "Таксономическая_группа", "Ткань", "партия", "фен", "образец", "подтип", "лечение", "n_genes", 'процент_мито', 'n_counts', 'Лейден' И я хочу …
05 авг '20 в 22:22
1
ответ
ImportError: невозможно импортировать имя stacked_violin из scanpy.plotting._anndata?
Еще пару дней назад мой код, использующий библиотеку scanpy, работал нормально, но вчера вечером он сломался и выдал мне новую ошибку Traceback (most recent call last): File "./scanpy_normalization.py", line 4, in <module> import sca…
28 авг '20 в 18:40
0
ответов
ошибка установки conda с помощью scanpy из канала bioconda
Я пытаюсь установить пакет через conda. Однако он продолжает выводить сообщение об ошибке (ниже). Если кто знает, как решить эту проблему, дайте мне знать! C:\Users\cjh81>conda install -c bioconda scanpy Collecting package metadata (current_repod…
12 май '20 в 13:57
2
ответа
подмножество anndata на основе кластеров жалюзи
Я хочу подмножество anndata на основе кластеров, но не могу понять, как это сделать. Я использую конвейер scVelo, и в нем я запустил tl.louvainфункция кластера ячеек на основе лувен. У меня было около 32 кластеров, из которых меня интересуют кластер…
16 сен '20 в 11:31
1
ответ
Как изменить размер метки оси Y в matplotlib
Я использую scanpy, который использует matplotlib под капотом. Я в основном создаю точечный график с помощью этого пакета. Я хочу изменить размер метки оси Y, как я могу это сделать? Использование этого работает для увеличения всех размеров шрифта д…
18 сен '20 в 05:53
2
ответа
Как изменить размер шрифта в scanpy
Я создаю точечные диаграммы, используя scanpyи невозможно изменить размер шрифта. Как это сделать? Например, как мне отредактировать эту строку кода? sc.pl.dotplot(df, ["gene"], 'CellType', dendrogram=True, save = name)
16 сен '20 в 20:36
3
ответа
Как мне создать объект AnnData из матрицы подсчета фреймов данных pandas?
Я пытаюсь использовать пакет Scanpy Python для анализа некоторых данных одной ячейки. Я прочитал матрицу подсчета (файл.tsv) как фрейм данных Pandas, в котором гены являются столбцами, а строки - разными ячейками. Каждая строка содержит количество р…
03 дек '20 в 03:01
0
ответов
Как изменить атрибуты класса в Python с помощью метода без возврата экземпляра (операция на месте)
Описание моей цели и проблемы: В настоящее время я работаю с пакетами scanpy и anndata в python (версия 3.6.12). Если вы не знакомы с этими пакетами, просто знайте, что anndata.AnnData хранит матрицу данных (numpy.ndarray) в атрибуте X. Столбцы X оп…
14 окт '20 в 22:07
2
ответа
Проблема с построением графиков скрипки Scanpy рядом друг с другом
Я работаю над анализом некоторых данных с помощью scanpy, и я пытаюсь построить 3 сценария скрипки рядом друг с другом, но я не могу заставить его работать. Я пробовал использовать подсюжеты несколькими разными способами, но они продолжают получать …
13 ноя '20 в 06:32
1
ответ
Установка Python scanpy не удалась, хотя llvmlite уже установлен - ОШИБКА: команда выполнена с ошибкой со статусом выхода 1
Я хочу установить scanpy (на Python 3.9.1, Windows 10). Прежде чем пытаться установить scanpy, я проверяю, что с llvmlite все в порядке, которое я ранее устанавливал, если llvmlite не удалось установить. Ошибка при создании llvmlite: C:\Users\plain&…
17 фев '21 в 19:20
0
ответов
import не может импортировать scanpy после успешной установки
импортировать scanpy Отслеживание (последний вызов последний): Файл "", строка 1, в файле "/usr/local/lib/python3.9/site-packages/scanpy/ init .py", строка 11, в от. инструменты импорта как tl Файл "/usr/local/lib/python3.9/site-packages/scanpy/tool…
17 мар '21 в 23:46
2
ответа
Как исправить ошибку «несовместимость numba» при установке Scanpy?
Я попытался установить пакет Scanpy на Jupyter с помощью команды «pip install Scanpy», но получил следующие ошибки; ОШИБКА: pynndescent 0.5.2 имеет требование numba>=0.51.2, но у вас будет numba 0.48.0, что несовместимо. ОШИБКА: umap-learn 0.5.1 …
21 мар '21 в 17:32
1
ответ
seaborn violinplot:FutureWarning: передайте следующую переменную в качестве ключевого слова arg: x. Начиная с версии 0.12, единственным допустимым позиционным аргументом будет `data'.
Я изо всех сил пытаюсь исправить это будущее предупреждение в сюжете морской скрипки: FutureWarning: передайте следующую переменную в качестве ключевого слова arg: x. Начиная с версии 0.12, единственным допустимым позиционным аргументом будет , а пе…
28 апр '21 в 17:30
0
ответов
Я установил ScanPy и AnnData в свою среду Linux, но получаю следующую ошибку ImportError: невозможно импортировать имя PathLike из anndata.compat.
Я установил ScanPy и AnnData в свою среду Linux, но получаю следующую ошибку ImportError: невозможно импортировать имя PathLike из anndata.compat. Я установил следующие пакеты:conda install seaborn scikit-learn statsmodels numba pytablesconda instal…
03 июн '21 в 13:00
2
ответа
Библиотека не загружена: @rpath/libhdf5.103.dylib при импорте scanpy и таблиц
Я установил scanpy и все необходимые связанные пакеты в PyCharm (таблицы, numpy и т. Д.), Но когда я пытаюсь импортировать scanpy, я получаю следующую ошибку: ImportError: dlopen(/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-p…
11 июн '21 в 20:58