Описание тега sbatch

Описание тега Вопросы с тегом
NoneSbatch submits a batch script to SLURM (Simple Linux Utility for Resource Management). The batch script may be given to sbatch through a file name on the command line, or if no file name is specified, sbatch will read in a script from standard input. The batch script may contain options preceded with "#SBATCH" before any executable commands in the script.
1 ответ

Почему python не импортирует мою библиотеку, даже если при ее использовании sbatch с SLURM он сообщает о существующей файловой системе?

Я пытался использовать простой сценарий, который импортировал пространства имен библиотеки при использовании SLURM и sbatch, однако я не могу это сделать, потому что он не находит библиотеку (даже несмотря на то, что список пипсов показывает, что он…
28 авг '16 в 04:06
1 ответ

Как мне использовать sbatch с SLURM и make-файлом?

Я пытаюсь отправить пакетные задания в SLURM, но продолжаю получать JobState=FAILED Reason=NonZeroExitCode, Я могу скомпилировать и выполнить код нормально на обычном g++, но я должен использовать SLURM для задания для школы. Мне показалось, что я и…
30 сен '14 в 09:35
2 ответа

Slurm Array Job: возможен ли выходной файл на том же узле?

У меня есть вычислительный кластер с четырьмя узлами A, B, C и D и Slurm Version 17.11.7. Я борюсь с работой с массивом Slurm. У меня есть следующий скрипт bash: #!/bin/bash -l #SBATCH --job-name testjob #SBATCH --output output_%A_%a.txt #SBATCH --e…
18 июн '18 в 13:22
2 ответа

SLURM: сохранить сценарий работы

В SLURM я легко могу указать файлы для входа в мой скрипт работы: #SBATCH --output=logs/output-%j #SBATCH --error=logs/error-%j Теперь я использую JobScript, который генерируется программно. Всякий раз, когда я отправляю работу, я хотел бы сохранить…
30 июл '17 в 11:31
0 ответов

Как открыть файлы.bov, которые находятся в кластере моего университета, с помощью команд python? Программа работает на кластере и создает файлы.bov

Программа отдельная. Как только он запускается, я получаю .bov файлы в другом каталоге я называю выводом. Затем я печатаю модуль загрузки allpyзатем Python, а затем любой бит кода Python, который я хочу. Но я не знаю, как открыть эти .bov файлы.
08 дек '16 в 06:15
1 ответ

Указание ресурсов SLURM при параллельном выполнении нескольких заданий

В соответствии с ответами здесь Что делает задачи --ntasks или -n в SLURM? можно выполнять несколько заданий параллельно через ntasks параметр для sbatch с последующим srun, Чтобы задать дополнительный вопрос - как указать объем памяти, необходимый …
28 дек '18 в 00:48
1 ответ

slurm: Как отправить работу под другим пользователем и запретить чтение файлов других пользователей?

Основано на следующей теме; Я пытаюсь отправить работу под другим пользователем. Я вошел как main_userи грязные работы отправляются через main_user что может сделать rm -rf /home/main_user это довольно опасно. Чтобы предотвратить это, я хочу запусти…
10 май '18 в 07:14
1 ответ

R скрипт запускается на внешнем кластере без улучшения производительности

Я использую подход к моделированию тем, который хорошо работает на моем компьютере в RStudio, за исключением того, что это занимает много лет. Поэтому я использую кластер Linux. Тем не менее, я также запрашиваю большую емкость, она не очень ускоряет…
24 июн '18 в 06:43
1 ответ

Знак доллара, чтобы получить значение не работает в моем сценарии оболочки?

Наша школа использует SLURM в качестве системы очередей, где нужно указать некоторые "преамбулы" перед другими командами. Следовательно, сценарий оболочки в этом случае обычно начинается с #!/bin/bash #SBATCH -n 10 # Number of cores requested #SBATC…
04 июл '14 в 01:32
1 ответ

СБАТЧ и СРУН СЛУРМ Ш

Я около недели тянул свои волосы, чтобы скрипт задания sbatch отправлялся на несколько узлов. У меня есть два вычислительных узла с (2) сокетами (12) ядрами / сокетом (2) потоками / ядром. У меня есть простая программа c, которая вычисляет ряд Фибон…
15 апр '17 в 05:16
0 ответов

Snakemake преждевременно удаляет временные файлы, работая с опцией --immediate-submit

Пока я отправляю работу с --immediate-submit а также --dependency=afterok:{dependencies}временные файлы удаляются даже до запуска правил, которые зависят от временных файлов. Он работает отлично, когда работает в обычном режиме. Кто-нибудь сталкивал…
24 мар '17 в 18:18
1 ответ

SLURM / Sbatch создает много небольших выходных файлов

Я запускаю конвейер на SLURM-кластере, и по какой-то причине много небольших файлов (размером от 500 до 2000 байт) названы так: slurm-XXXXXX.out (где XXXXXX это номер). Я пытался выяснить, что это за файлы, на сайте SLURM, но я не могу найти упомина…
24 окт '17 в 10:32
1 ответ

/usr/bin/modulecmd: нет такого файла или каталога

Я использую sbatch для отправки моей работы.Командная строка mpirun --version дает: Библиотека Intel(R) MPI для ОС Linux*, версия 5.0, сборка 20140507 Copyright (C) 2003-2014, Intel Corporation. Все права защищены. Поэтому я думаю, что я работаю с I…
22 дек '15 в 09:09
1 ответ

Захватить вывод файла sbatch

Я хочу иметь возможность запустить команду внутри файла Bash и сохранить ее в somefile.txt Я запускаю свой скрипт следующим образом: sbatch file.sh и внутри этого файла у меня есть команда терминала
08 сен '16 в 22:23
0 ответов

Команда nohup для долгой работы

Я ssh в кластер с моего собственного ноутбука с Ubuntu 15.10. Мне нужно выполнить команду, и эта команда сгенерирует около 46 ГБ данных. Я пытался с помощью sbatchкоманда для отправки сценария задания (SLURM), но время на стене (которое составляет о…
17 фев '16 в 14:50
0 ответов

Как запустить Tensorflow на кластере SLURM с правильно настроенным сервером параметров?

Мне повезло, что у меня есть доступ к кластеру GPU моего университета, работающему на платформе SLURM. Я пытался заставить Tensorflow работать на узле кластера, но до сих пор мне не удалось найти какую-либо документацию. (Все, с кем я говорил в унив…
05 ноя '16 в 15:21
1 ответ

Как можно убедиться, что скрипт представления Python в slurm находится в том месте, откуда была дана команда sbatch?

У меня есть скрипт отправки Python, с которым я запускаю sbatch с помощью slurm: sbatch batch.py когда я делаю это, вещи не работают должным образом, потому что я предполагаю, что batch.py Процесс не наследует правильные переменные среды. Таким обра…
12 окт '17 в 20:38
1 ответ

Как отправить задания в SLURM с разных узлов?

Я должен запустить несколько симуляций на кластере, используя sbatch. В одной папке у меня есть скрипт Python для запуска и файл для использования с sbatch: #!/bin/bash -l #SBATCH --time=04:00:00 #SBATCH --nodes=32 #SBATCH --ntasks-per-core=1 #SBATC…
13 май '17 в 14:48
2 ответа

Как обновить номер узла задания в Slurm?

У меня есть ожидающая работа, и я хочу изменить ее размер. Я старался: scontrol update job <jobid> NumNodes=128 Это не работает. Примечание: я могу изменить время на стене, используя scontrol, Но когда я пытаюсь изменить количество узлов, это …
21 мар '18 в 04:28
1 ответ

Работа с выходом SLURM .out

Я использую sbatch запускать сценарии, и я хочу, чтобы выводимый текст записывался в файл с определенной точки, т.е. я хочу отобразить некоторый текст, чтобы пользователь мог видеть, но после определенной команды я хочу, чтобы весь вывод был записан…
03 окт '17 в 08:49