/usr/bin/modulecmd: нет такого файла или каталога

Question

Я использую sbatch для отправки моей работы.
Командная строка mpirun --version дает:

Библиотека Intel(R) MPI для ОС Linux*, версия 5.0, сборка 20140507
Copyright (C) 2003-2014, Intel Corporation. Все права защищены.

Поэтому я думаю, что я работаю с Intel MPI.
Следуя инструкциям: отправляя работу MPI с использованием Intel MPI, я пишу свой сценарий так:

#!/bin/bash
#SBATCH --ntask=4
#SBATCH -t 00:10:00

. ~/.bash_profile

module load intel
mpirun mycc

mycc - это исполняемый файл, который я получаю после компиляции исходных файлов с помощью mpicc.
Тогда я использую команду sbatch -p partitionname -J myjob script.sh, моя работа не удалась с кодом выхода 127:0. Файл slurm-jobid.out говорит, что (оставьте в стороне установленное предупреждение локали):

/ usr / share / Modules / init / sh: строка 2: /usr/bin/modulecmd: нет такого файла или каталога /tmp/slurmd/job252624/slurm_scirpt: строка 10: mpirun: команда не найдена

Но я проверил и файл / usr / bin / modulecmd существует.
Любое предложение ценится.

редактировать
Я также задал вопрос здесь.

Я удалил исходный оператор и модуль загрузки один.
Я попытался загрузить модуль в узел входа в систему, прежде чем отправлять свою работу. Но что-то не так. Это говорит о том, что:

moduleCmd_Lad.c (204): Ошибка: 105: невозможно найти файл модуля для 'intel'

я использую module avail Команда, чтобы увидеть, какие модули доступны:

--------- / USR / доли / Модули / modulefiles -------------------

точечный модуль-информация mpich2-x86_64 use.won

module-cvs modules null

--------- / и т.д. / modulefiles ---------------------------------

compat-openmpi-psm-x86_64 compat-openmpi-x86_64

Прости меня за грязное форматирование.

решаемая

Проблема наконец-то решена. Мой последний скрипт.sh выглядит так:

#!/bin/bash
srun -p partitionname -n 4 -t 00:10:00 mycc

Тогда используйте команду sbatch -p partitionname -J myjob script.sh представить работу.

Answer 1

Очевидно, что / usr / bin / modulecmd существует не во всех вычислительных узлах. Убедитесь, что он существует во всех вычислительных узлах, и попробуйте снова.

Также вам не нужно создавать исходный файл bash_profile, если / home используется всеми узлами, поскольку Slurm по умолчанию экспортирует всю среду в задание.