Как мне использовать sbatch с SLURM и make-файлом?

Question

Я пытаюсь отправить пакетные задания в SLURM, но продолжаю получать JobState=FAILED Reason=NonZeroExitCode, Я могу скомпилировать и выполнить код нормально на обычном g++, но я должен использовать SLURM для задания для школы. Мне показалось, что я их правильно запускаю, и я получил от корня гадость, в которой говорилось, что нужно прекратить запуск скриптов на узле входа. Любая помощь будет оценена. Вот мой командный файл и мой Makefile:

#!/bin/bash
#SBATCH -N1 -n1 --mem-per-cpu=100m -t00:05:00
echo "#SBATCH -N1 -n1 --mem-per-cpu=100m -t00:05:00 --qos=test"
cd /home/<username>/AFS/cse_430/Project1/Parallel/
module load gcc/4.9.1
make clean
make all
echo "Running single threaded code..."
./run "SeqCA(57;4,10).txt"
echo "Done experiment. Check log.txt"

Makefile:

EXEC=run    # name of executable is run
CC=g++      # compile with g++
CFLAGS=-std=c++11 -fopenmp -c -Wall 

all: $(EXEC)

$(EXEC): main.o threeSeq.o fourSeq.o fiveSeq.o
    $(CC) -fopenmp -o $(EXEC) main.o threeSeq.o fourSeq.o fiveSeq.o 

main.o: main.cpp
    $(CC) $(CFLAGS) main.cpp

threeSeq.o: threeSeq.cpp threeSeq.hpp
    $(CC) $(CFLAGS) threeSeq.cpp

fourSeq.o: fourSeq.cpp fourSeq.hpp
    $(CC) $(CFLAGS) fourSeq.cpp

fiveSeq.o: fiveSeq.cpp fiveSeq.hpp
    $(CC) $(CFLAGS) fiveSeq.cpp

clean: 
    rm -f *.o
    rm -f $(EXEC)
    rm -f *log.txt

Answer 1

Вы должны представить свои вакансии с помощью: sbatch jobscript.sh

Проверьте также выходные файлы из slurm, чтобы проверить наличие ошибок при выполнении задания. По умолчанию slurm сохраняет stdout и err в файле slurm-.out