Snakemake преждевременно удаляет временные файлы, работая с опцией --immediate-submit

Question

Пока я отправляю работу с --immediate-submit а также --dependency=afterok:{dependencies}временные файлы удаляются даже до запуска правил, которые зависят от временных файлов. Он работает отлично, когда работает в обычном режиме. Кто-нибудь сталкивался с этой проблемой?

Сценарий змеиного мейкера

rule all:
    input: 'file2', 'file3'

rule one:
    input: 'file1'
    output: temp('file2')
    shell: "touch {output}"

rule two:
    input: 'file2'
    output: 'file3'
    shell: "touch {output}"

Команда подачи

snakemake -s sample.snake --cluster '../mybatch.py {dependencies}' -j 4 --immediate-submit

Выходное сообщение Snakemake

Provided cluster nodes: 4
Job counts:
        count   jobs
        1       all
        1       one
        1       two
        3

rule one:
    input: file1
    output: file2
    jobid: 1


rule two:
    input: file2
    output: file3
    jobid: 2


localrule all:
    input: file2, file3
    jobid: 0

Removing temporary output file file2.
Finished job 0.
1 of 3 steps (33%) done

Removing temporary output file file2.
Finished job 1.
2 of 3 steps (67%) done

localrule all:
    input: file2, file3
    jobid: 0

Removing temporary output file file2.
Finished job 0.
3 of 3 steps (100%) done
Error in job two while creating output file file3.
ClusterJobException in line 9 of /faststorage/home/veera/pipelines/ipsych-GATK/test/sample.snake:
Error executing rule two on cluster (jobid: 2, jobscript: /faststorage/home/veera/pipelines/ipsych-GATK/test/.snakemake/tmp.cmvmr3lz/snakejob.two.2.sh). For
detailed error see the cluster log.
Will exit after finishing currently running jobs.

Сообщение об ошибке

Missing files after 5 seconds:
file2
/faststorage/home/veera/pipelines/ipsych-GATK/test/.snakemake/tmp.jqh2qz0n
touch: cannot touch `/faststorage/home/veera/pipelines/ipsych-GATK/test/.snakemake/tmp.jqh2qz0n/1.jobfailed': No such file or directory
Missing files after 5 seconds:
file2

Работы представляются с надлежащей зависимостью.../Mybatch.py ​​- это собственный скрипт-обертка для sbatch. Это ошибка или ошибка в моем коде? Спасибо за помощь заранее.