Как интерпретировать LocalStructureParams в pymatgen
Используя следующий скрипт:
from pymatgen import Structure
from pymatgen.analysis.local_env import LocalStructOrderParams
structure_from_cif = Structure.from_file("MoS2_mp-1027525_primitive.cif")
s = structure_from_cif
types = ["cn", "sgl_bd", "bent", "tri_plan", "tri_plan_max", "reg_tri", "sq_plan",
"sq_plan_max", "pent_plan", "pent_plan_max", "sq", "tet", "tet_max", "tri_pyr",
"sq_pyr", "sq_pyr_legacy", "tri_bipyr", "sq_bipyr", "oct",
"oct_legacy", "pent_pyr", "hex_pyr", "pent_bipyr", "hex_bipyr",
"T", "cuboct", "cuboct_max", "see_saw_rect", "bcc", "q2", "q4", "q6", "oct_max",
"hex_plan_max", "sq_face_cap_trig_pris"]
y = LocalStructOrderParams(types, cutoff=3.0)
op1 = []
for i in range(s.num_sites):
op = y.get_order_parameters(s, i)
op1.append([s.sites[i].species_string , op])
Я могу напечатать LocalStructOrderParams в списке, здесь я разместил только его часть:
print(op1)
['Mo',
[6.0,
0.0,
0.03907276911926482,
0.017585496323776047,
0.10556835339748345,
0.0,
0.15695714832010374,
0.5044290620103876,
0.15240160844818185,
0.3123761043192464,
4.200588468767401e-15,
0.0025994228421142183,
0.01306600110432661,
0.4024379423203235,
0.3251264214245443,
0.46729494348648465,
0.6469676032375532,
0.49673180995336264,
0.17666105885885325,
0.04793044015301921,
0.47582409431262995,
0.28090446847266903,
0.7701491005445386,
0.4496260785661647,
0.32704905858806466,
0.28991953263967357,
0.17610270614855345,
0.52608867568501,
0.2646189973942318,
0.12882500481926745,
0.42818856557798934,
0.13823372031782732,
0.49673180995336264,
0.035501974698329254,
0.5106444989136437]],
['Mo',
[6.0,
0.0,
0.03907276911926456,
0.017585496323776283,
0.10556835339748467,
0.0,
0.15695714832010396,
0.5044290620103876,
0.1524016084481806,
0.31237610431924523,
4.2005884687686956e-15,
0.0025994228421142586,
0.01306600110432688,
0.40243794232032426,
0.3251264214245468,
0.46729494348649797,
0.6469676032375549,
0.496731809953368,
0.1766610588588537,
0.047930440153019706,
0.4758240943126304,
0.28090446847266926,
0.7701491005445398,
0.44962607856616493,
0.32704905858806455,
0.2899195326396747,
0.1761027061485571,
0.5260886756850228,
0.2646209785605453,
0.12882500481926593,
0.42818856557798923,
0.1382337203178288,
0.496731809953368,
0.03550197469832998,
0.5106444989136429]]
Где перечислены первые два Мо и их параметры заказа. Я знаю, что это число соответствует типам: например, первое число представляет собой координационное число, которое равно 6, второе - "sgl_bd", третье - "согнуто" и так далее. Как интерпретировать эти цифры?