Добавить атомы случайным образом вокруг атома в VASP Poscar, используя Pymatgen

Question

Я пытаюсь найти все атомы типа A в VOSP POSCAR, а затем случайным образом добавить "n" атомов типа B в сферу радиуса ("r") с центром в каждом месте атома типа A с помощью пиматгена и возвращать каждый раз, когда новый POSCAR.

Answer 1

В настоящее время это не встроенная трансформация в pymatgen. Вы можете написать это самостоятельно, создав новый PeriodicSiteизменив его положение на случайный вектор с помощью numpy и добавив его к Structure,