Описание тега ohdsi-omop

Вопросы с тегом
1 ответ

Доступны ли кодовые системы FHIR в OMOP от Athena?

Похоже, что FHIR внедрила свои собственные системы кодирования. Например, это было обнаружено у пациента Synthea: "valueCoding": { "code": "2106-3", "system": "urn:oid:2.16.840.1.113883.6.238", "display": "White" } Кажется, из: https://www.hl7.org/f…
10 янв '22 в 16:45
1 ответ

Существует ли сопоставление систем FHIR со словарями OMOP?

Существует ли сопоставление систем FHIR со словарями OMOP? Сообщения FHIR, с которыми я работаю, используют такие вещи: СНОМЕД http://snomed.info/sct RxNorm http://www.nlm.nih.gov/research/umls/rxnorm … и OMOP использует такие вещи: Итак, мне нужно …
01 фев '22 в 13:50
1 ответ

Несоответствие между представлением кодов для UCUM в FHIR v OMOP

Я вижу некоторые различия между тем, что я получаю в сообщениях FHIR от кодов synthea v. в OMOP для словаря UCUM. Большинство из них, похоже, связаны со знаками препинания из-за отсутствия лучшего слова (такие вещи, как _, {, }, [, ], / и т. д.). Пр…
05 фев '22 в 19:29
2 ответа

Как улучшить запрос select min(my_col) в MySQL без добавления и индексации

Приведенный ниже запрос выполняется около минуты на моем экземпляре MySQL (работает на довольно мощной машине с 64 ГБ памяти, диском 2T, процессором 2,30 ГГц с 8 ядрами и 16 логическими, и запрос выполняется на локальном хосте). Этот же запрос выпол…
08 фев '22 в 20:44
1 ответ

Вопрос о сопоставлении FHIR и OMOP: систолическое и диастолическое артериальное давление с несопоставленным, недействительным кодом (55284-4)

Существует концепция LOINC 55284-4, которая появляется в некоторых ресурсах FHIR, например:https://syntheticmass.mitre.org/v1/fhir/Patient/0000aa42-c235-4447-8389-8a2640f44466/$everything Этот код предназначен для «систолического и диастолического а…
24 фев '22 в 02:02
0 ответов

Преобразование OMOP на инкрементных данных

Как обрабатывать данные OMOP в добавочном фиде, а не преобразовывать весь набор данных? В настоящее время преобразование OMOP выполняется для всего набора данных. Пожалуйста, дайте мне знать, есть ли способ сделать добавочные данные и объединить их …
16 май '22 в 11:54
2 ответа

Какие ресурсы (обычно|предполагаемые |обязательные) должны находиться в ресурсе /Patient/[ID]/$everything FHIR?

Краткая версия такова: /Patient/[ID]/$everything для примера пациента, показанного ниже, содержит ссылку на процедуру, которая также не включена в ресурс /Patient/$everything. В частности: этот пример из synthea. Synthea — удивительный инструмент, п…
14 мар '22 в 14:18
1 ответ

Как исправить ошибку подключения, которая возникает при запуске инструмента Synthea ETL, но не отображается при запуске DQD?

Я могу запустить DQD, используя параметры соединения, показанные ниже, но я получаю ошибку SSL, если пытаюсь использовать connect(), и я получаю ту же ошибку, пытаясь использовать инструмент synthea etl. Полный скрипт ниже. Любая помощь будет принят…
13 июл '22 в 10:55
0 ответов

На вкладке «Результаты» на панели мониторинга качества данных нечего отображать

Я пытаюсь использовать инструмент DQD (панель мониторинга качества данных) (ссылка GIT ) от OHDSI, но застрял в одном месте, которое я не могу понять. Любая помощь будет здорово. Ниже подробно описана проблема: Мне удалось запустить панель мониторин…
08 авг '22 в 05:39
0 ответов

Проект с gmaven-plugin в POM компилируется в командной строке, но не компилируется в Eclipse

Я пытаюсь получить проект, который использует gmaven-plugin для компиляции в Eclipse. Когда я импортирую проект в Eclipse с помощью Maven Import, я получаю сообщение об ошибке, показанное ниже. После завершения импорта проекта у меня остаются эти ош…
03 окт '22 в 15:47
0 ответов

Почему «Острая ВИЧ-инфекция» не классифицируется как венерическое заболевание в SNOMED-CT?

Я пытаюсь составить список заболеваний, передающихся половым путем, с помощью SNOMED-CT (в качестве источника для SNOMED-CT я использую концептуальные таблицы OHDSI/OMOP в Databricks). Запрашивая данные SNOMED-CT из OHDSI Athena в OHDSI/OMOP с помощ…
10 июл '22 в 15:25
0 ответов

Как опубликовать базу данных OHDSI/OMOP в качестве сервера FHIR?

Какой самый простой в реализации/самый быстрый в настройке/самый дешевый/предпочтительно открытый способ публикации существующей базы данных OHDSI/OMOP в качестве FHIR?
12 июл '22 в 16:29
1 ответ

Как я могу передать результаты запроса/подзапроса другому запросу и ОБЪЕДИНИТЬ результаты вместе?

ОТВЕТ! CTE — лучший метод, использующий описательные имена фиктивных переменных. У меня есть две соответствующие таблицыconceptкоторый описывает все общие концепции базы данных (concept_code) из разных словарей (vocabulary_id) и связывает их с уника…
06 июл '22 в 19:38
1 ответ

Сопоставление словаря ETL LOINC с общей моделью данных OMOP

Я работаю над сопоставлением значений лабораторных испытаний (таблица ИЗМЕРЕНИЙ OMOP CDM). В моей локальной картографической таблице (сделанной вручную) указано мое имя измерения (на французском языке) и соответствующий код LOINC. Словарь LOINC был …
24 ноя '22 в 14:38
0 ответов

Подходящий ли это способ получить все ИППП в ICD9CM, которые соответствуют классификации ИППП в SNOMED?

У меня есть набор данных, который использует коды ICD9CM для кодирования состояния/диагностики. Я хотел бы использовать категорию SNOMED-CD для «Инфекционных заболеваний, передающихся половым путем» (concept_id = 8098009), используя таблицы концепто…
02 авг '22 в 00:58
0 ответов

Почему я получаю сообщение ROLLBACK_COMPLETE при попытке установить OHDSI?

Я получаю сообщение об ошибке ROLLBACK_COMPLETE при попытке установить OHDSI-in-a-box с https://github.com/OHDSI/OHDSI-in-a-Box согласно видео https://www.youtube.com/ смотреть?v=9JbgyE4rW2w. Я попробовал дважды и оба раза получил ROLLBACK_COMPLETE …
29 май '23 в 13:21